复旦大学信息科学与工程学院成立于2000年6月。其前身是计算机科学系、电子工程系、物理系激光物理教研组、半导体物理教研组、国家高性能计算中心（上海）、上海应用物理研究中心等单位。 第一届信息科学与工程学院党政领导班子为：院长陈良尧，副院长徐公权、童家榕、邱文英（兼）、应质峰。党委书记赵衍盛，副书记邱文英。 学院初期下设4个系：电子工程系、计算机科学与工程系、光科学与工程系、通信科学与工程系。全院教职工达460人。 2001年6月，学院又增建2个系：微电子学系、计算机与信息技术系。 2002年9月，依托学院综合优势，成立了二个院：软件学院和微电子研究院。 至此，信息科学与工程学院构建成为6系、2院、多学科、总规模达420名教职工的复旦大学最大学院之一。 2003年11月，信息科学与工程学院党委换届改选，党委书记朱建艺，副书记朱百祥、周虎。