信息学院现有学科覆盖六个一级学科，拥有博士后流动站3个（电子科学与技术、计算机科学与技术、生物医学工程）；博士点7个（微电子学与固体电子学、电路与系统、生物医学工程、 计算机软件与理论、计算机系统结构、计算机应用技术、光学）；硕士点12个（微电子与固体电子学、电路与系统、通讯与信息系统、生物医学工程、电磁场与微波技术、计算机软件与理论、计算机系统结构、计算机应用技术、光学、无线电物理、原子与分子物理、光学工程）。信息科学与工程学院现有本科专业6个：电子信息科学与技术、微电子学、生物医学工程、计算机科学与技术、通讯工程、光信息与技术。信息学院现有国家重点学科3个、上海市重点学科3个。信息学院现有国家重点实验室2个（复旦大学专用集成电路和系统国家重点实验室、复旦大学先进光子学材料与器件国家重点实验室），教育部重点实验室1个（教育部散射与遥感重点实验室），上海市重点实验室1个（上海市智能信息处理重点实验室）。
信息科学与工程学院目前在计算机网络、数据库、并行处理、医学超声研究、专用集成电路设计、集成电路辅助设计、集成电路工艺、移动通信、光电子、光通信等领域内承接了大量的国家、省部级及上海市的科研项目，并获得了200余项国家、省部级的科技成果奖.
　信息学院与国内外信息公司、企业建有广泛的联系，IBM公司、Intel公司、Motorola公司、德州仪器公司、Agilent公司、Novellus公司、Lucent Technologies Bell Labs Innovations、ABEST COMMUNICATION CORP有限公司、日立公司、联想集团、上海通讯公司、上海华虹集团等均与学校建有联合实验室。
信息学院具有一支知名教授领衔，中青年教师为骨干，后备力量源源不断的强大科研队伍。学院充分发挥多学科交叉的综合优势，承担了大量的国家973、863重点项目，国家自然科学基金重大、重点及面上项目、省部委级科研项目等，取得了大批科研成果，获得了许多国家、部委 、上海市等的各类科技成果奖，它们是：国家科技进步奖二等奖2项；三等奖2项；国家发明奖二等奖1项；三等奖一项；四等奖一项；国家专利14项；省、部科技进步奖一等奖7项；二等奖23项；三等奖26项；
信息学院重视科研转化工作，有一批有知名度的公司：
上海复旦微电子股份有限公司 (2000年8月香港上市)
上海复旦网络工程有限公司
上海复旦光华信息发展有限公司
华虹集成电路公司
复旦金仕达公司
天翼公司
上海复旦大学旦华电子科技实业公司
复旦汇成光器件公司
华忆集成电路公司
上海复旦南华电子技术有限公司
复旦紫星信息技术有限公司