黄维妮

Submitted on 周一, 10/30/2017 - 20:23


性别
女

电子邮件
huangwn6@mail.sysu.edu.cn

职称
教授

导师类型
博士生导师

学历
博士

学科方向
0710生物学-07遗传学
0713生态学


研究方向
通过计算生物学和进化生物学的方法，运用计算机模拟，数学模型，研究不同生物系统中的种群动态及应用。主要研究课题：1.生物多样性维持机制 2.物种的协同进化 3.癌症进化4.最优化癌症治疗方案研究。拓展领域：计算生物学及实验的结合

个人经历
2001-2008?北京师范大学 信息系统本科/英语双学士/生态学硕士
2008-2012 ?德国马克思普朗克（德国国家研究所）进化生物学研究所，计算生物学博士（方向：生物多样性维持机制模型）
2012-2016 ?德国马克思普朗克进化生物学研究所，巴斯癌症研究所，博士后（方向：物种演化计算生物学模型，癌症进化计算生物学模型及生物信息数据分析）
2017-??中山大学生命科学学院，计算生物学与进化生物学研究组,博士生导师

讲授课程
动物行为学
微分方程

承担课题
中山大学”****“
物种间的协同进化 （coevolution）
物种的协同进化是生物系统的一个核心内容，例如宿主与寄生虫关系，植物与病原体关系，捕食者与猎物的关系。本课题组以轮虫（Rotifer）和绿藻（Algae），及螢光菌（Pseudomonas Fluorescens）和纤毛虫（Ciliate）为例，研究物种协同进化下的生物多样性水平。
对数学建模有兴趣的同学，鼓励开展物种协同进化模型的研究，将会用到基本的大学数学分析及计算机编程。对微生物系统进化实验有兴趣的同学，将到在黄维妮及德国进化实验学家Lutz Becks的共同指导下，进行协同进化实验的研究。由黄维妮团队和Lutz Becks?合作的第一项成果目前已发表在Nature Communications?接收。Lutz Becks实验室在Nature，Ecology Letters，Nature Communications等前沿科研期刊上发表多篇文章，实验技术成熟，设计新颖，并将与黄维妮团队有长期合作。
癌症进化模型（cancer evolution modeling）
癌症的产生和发展是一个经典的进化过程。随着第二代基因测序的发展和应用，越来越多的科研数据表明，单个病人的个体肿瘤内具有高度的遗传多样性。由于实际操作的难度，大部分数据都采集于病人在单个时间点上的样品，从而难以对肿瘤随时间的发生和变化进行深刻的分析解释，降低了科研结果对肿瘤治疗的应用性。通过对肿瘤的生长过程进行数学建模和计算机模拟，结合实际数据分析，本团队对个体肿瘤内遗传多样性产生机制及生长速率更高的肿瘤小种群（subclones）的识别方法进行研究。本方向目前主要方法是进行计算机模拟，欢迎感兴趣的科研人员和同学加入；近两年，将需要肿瘤全基因组，外显子测序实验、细胞系（cell line）培养的专职实验人员。
本团队在癌症进化研究中，理论方面将与英国国家癌症研究所（ICR）的Benjamin Werner博士（癌症进化学，理论物理学方向，代表论文 Williams，Werner，et al., Nature Genetics, 2016, 2018; ?Werner et al., Elife, 2015; Werner et al., Cancer Research, 2014,2016 等）共同指导学生。实验方面将与英国巴斯癌症研究所的实验及临床科研人员合作。

论文专著
代表期刊论文：
W. Huang*, A. Traulsen, B. Werner, T. Hiltunen, L. Becks, 2017. Dynamical trade-offs arise
from antagonistic coevolution and decrease intraspecific diversity. Nature Communications,?8:?2059.
A. Baker, W. Huang, et al., 2017. Robust RNA-based in situ mutation detection delineates
colorectal cancer subclonal evolution. Nature Communications, 8:1998.
W. Huang*, P. R. A. Campos*, V. M. de Oliveira, F. F. Ferreira*, 2016. A resource-based
game theoretical approach for the paradox of the plankton. PeerJ , 4:e2329.
W. Huang, C. Hauert, A. Traulsen, 2015. Stochastic game dynamics under demographic
fluctuations. PNAS, 112:9064-9069.
W. Huang, B. Werner, A. Traulsen, 2012. The impact of random frequency-dependent
mutations on the average fitness. BMC Evolutionary Biology, 12:160.
W. Huang, B. Haubold, C. Hauert, A. Traulsen, 2012. Emergence of stable polymorphisms
driven by evolutionary games between mutants. Nature Communications, 3:919.
W. Huang, A. Traulsen, 2010. Fixation probabilities of random mutants under frequency
dependent selection. Journal of Theoretical Biology, 263(2):262268.
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