林学院具有悠久的办学历史，其前身为创建于1940年的福建省立农学院森林系。2000年10月，福建省政府决定将原福建农业大学与福建林学院合并成立福建农林大学。2001年4月，学校决定在原资源与环境系基础上成立林学院。
　　
　　61年来，林学院经历了艰苦创业、曲折发展、快速健康发展的办学历程，从一个专业发展成为多学科、多专业、多层次、多规格并具有较大办学规模的学院。
　　
　　学院现有森林培育博士点1个；森林培育、森林经理、森林保护、生态学、水土保持与荒漠化防治、林木遗传育种、园林植物与观赏园艺7个硕士点；林学、园林、水土保持与荒漠化防治、资源环境与城乡规划管理、森林资源保护与游憩5个本科专业；3个高等职业教育专科专业；5个函授专业。1984年，林学学科评为省首批9个重点学科之一。1995年，经济林产品加工列为省高校首批“211”工程重点学科林产品加工的三大方向之一。2000年，“森林培育”列为省属高校第二批“211”工程重点学科。6门课程列为省重点和优秀课程。“生物技术实验室”评为省重点实验室。各类在校生1500多人，其中研究生和本科生近1000人。在80多名教职工当中，有教授16人，副教授（包括副研究员、高级实验师）24人。3位有国家突出贡献的中青年，9位省表彰的优秀专家，23位受政府特殊津贴的专家，15位省“百千万人才工程”人选，29位在岗研究生导师，2位在岗博士生导师，20多位教师获省部级以上荣誉称号。
　　
　　学院设有6个研究机构，福建杉木研究中心、福建竹类研究中心、林业资源与环境研究所、生物技术研究所、森林保护研究所、香料及经济产品加工研究所。科研成绩斐然，先后参加国际协作项目3项，承担国家“六五”、“七五”、“八五”、“九五”科技攻关项目4项。90年以来，承担国家、省自然科学基金3项，部、省级科研项目193项，科研经费达1200多万元。通过部、省级鉴定的科研成果189项，其中评为国际同类先进水平的34项，国内领先的76项，有106项成果获奖，其中参加的项目获国家科技进步二等奖的1项，国家科技进步三等奖1项，部、省级进步一等奖2项，部省级科技进步二等奖15项，部省级科技进步三等奖84项。这些成果大多已转化为生产力，创造了很好的社会效益和经济效益。