福州大学数学系创办于1958年10月，原名数学力学系，是福州大学创建初期最早设立的五个系之一。当时开设数学、计算数学和力学三个专业。教师队伍主要由厦门大学数学系的计算数学、力学和微分方程等专业的教师搬迁而来。1962年调整合并为一个专业──数学专业，学制五年。1966-1969年因文革停止招生。1970年开始招收少量的计算数学专业学生，学制三年。1977年恢复高考后，扩大招生规模，设置应用数学、计算数学、计算机软件和计算机应用等四个专业。1980年成立计算机系，一套机构两块牌子。1984年数学系与计算机系正式分系。
　　
　　现在，数学系有两个本科专业──应用数学、信息与计算科学，每年招生各60人。另与福州大学职业技术学院合办一个大专专业──网络技术与信息处理。1999年招生50名，2000年招生65名。数学系现有两个硕士研究生专业点──基础数学、应用数学。2000年招硕士研究生13人，以后将逐年扩大招生数。
　　
　　全系教职工70名，其中专任教师58名，分布在高等数学概率统计、函数论、组合数学、信息与计算机、微分方程等6个教研室，其中教授10名、副教授27名、具有硕士学位以上学历的教师占教师总数的47%，现任系主任史金麟教授。1984年以来，先后组建了《微机基础实验室》、《应用数学实验室》、《信息与计算科学》、《高等数学实验室》等四个实验