TAR DNA结合蛋白43（transactive response DNA binding protein 43，TDP-43），一种可变剪切因子，可以特异性地结合富含TG序列的DNA，涉及多种神经退行性疾病. 分子动力学模拟方法虽然是研究分子间相互作用强有力的工具，但它非常耗时，且难以对有大的构象变化的体系进行充分采样来研究其变构行为. 本工作使用粗粒化的基于弹性势的高斯网络模型（Gaussian network model，GNM）研究人TDP-43与靶标DNA间相互作用的动力学. 进一步地，利用本课题组之前提出的基于GNM的热力学循环方法识别TDP-43与DNA相互作用的关键残基，其微扰引起了大的结合自由能的变化. DNA结合后，TDP-43上富含正电残基的loop1和loop3片段有较大的柔性损失，这反映了它们在识别和结合中的诱导契合作用. 另外发现，基于热力学循环的方法不仅识别到一些与DNA特异性相互作用有关的重要残基，而且识别到一些远离结合界面但在结合引起的分子构象变化中发挥重要作用的残基. 本研究有助于理解TDP-43与DNA的特异性相互作用，可为药物设计提供重要信息，另外该方法可以很方便地拓展到其他蛋白质-核酸相互作用动力学的研究.
PDF全文下载地址:
http://www.pibb.ac.cn/pibbcn/ch/reader/create_pdf.aspx?file_no=20210116&flag=1&journal_id=pibbcn
删除或更新信息，请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)
基于GNM方法研究人TDP-43-DNA相互作用动力学及关键位点
本站小编 Free考研考试/2022-01-02
相关话题/疾病 信息 设计 药物 工作
领限时大额优惠券,享本站正版考研考试资料!
优惠券领取后72小时内有效，10万种最新考研考试考证类电子打印资料任你选。涵盖全国500余所院校考研专业课、200多种职业资格考试、1100多种经典教材，产品类型包含电子书、题库、全套资料以及视频，无论您是考研复习、考证刷题，还是考前冲刺等，不同类型的产品可满足您学习上的不同需求。 ...考试优惠券 本站小编 Free壹佰分学习网 2022-09-19Autotaxin-LPA轴在肥胖及其相关疾病中的作用
溶血磷脂酸（lysophosphatidicacid，LPA）是一种结构简单的生物活性脂质分子，可通过与细胞膜上的LPA受体（lysophosphatidicacidreceptors，LPARs）结合参与调控细胞生命活动，在多种生理和病理过程中发挥作用.分泌型糖蛋白Autotaxin（ATX）具溶 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02MethyScan：一种甲基化特异性PCR引物设计及评估工具
DNA甲基化是重要的表观遗传现象，对基因表达发挥重要调控功能.大量研究表明，基因DNA甲基化是重要的临床诊断生物标志物.在临床上，实施快速、准确的DNA甲基化状态检测是诊断应用的前提和关键.甲基化特异性PCR（methylationspecificPCR，MSP）通过将两种引物与甲基化、非甲基化模板 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02神经元信息编码的代谢消耗：动作电位与能量效率
人脑是一个高效、可靠的信息处理系统，它主导着个体的认知、情感、意识与行为，这些功能的实现需要不断地消耗代谢能量.大脑的能量需求主要被神经元信息编码所消耗，相应的亚细胞过程包括产生和传导动作电位、维持静息电位以及突触传递.神经元编码信息的主要载体是动作电位序列，它的产生与传导贡献了大脑的大部分代谢消耗 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02用于药物评价的体外心脏组织模型研究进展
候选药物对心脏的毒副作用是其在开发过程中被淘汰的重要原因之一.传统药物评价所采用的动物模型存在种属差异、成本高、效率低等缺陷.因此，近年来随着干细胞和生物打印等技术的快速发展，体外心脏组织模型的构建受到了越来越多地关注.本文追踪体外心脏模型构建的起源与发展，综述模型所利用的心肌细胞来源以及二维、三维 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02一种溶酶体靶向的原位自组装短肽设计及抗肿瘤活性研究
肿瘤已成为威胁人类生命的一大杀手，目前主要采用手术和放、化疗等手段进行治疗，但由于放、化疗的细胞选择性差、毒副作用明显且易引起肿瘤细胞产生耐受（/药）性，不利于肿瘤的持续治疗，因此亟待研发具有定向定位优势、毒副作用低的新型靶向药物.原位自组装多肽能识别肿瘤部位的特异性高表达物质，在肿瘤部位靶向性聚集 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02IL-41/Metrnl的生物学特性及在代谢与炎症相关疾病中的作用
白细胞介素(interleukin,IL)-41是一种新近发现和重新命名的细胞因子或脂肪因子．IL-41也曾分别被称为Metrnl,Cometin,Subfatin,Meteorin(Metrn)-like或Meteorin-β、IL-39等．IL-41/Metrnl是一种小分子分泌蛋白,在体内广泛 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02lncRNA NEAT1在中枢神经系统疾病中的研究进展*
存在于人类基因组中的长链非编码RNA（lncRNA）因其发挥着重要的调节作用而备受关注.越来越多的研究表明，lncRNAs在神经发育、神经可塑性以及中枢神经系统疾病中发挥着重要作用.lncRNA核富集转录体1（NEAT1）在阿尔茨海默症（AD）、帕金森病（PD）、亨廷顿病（HD）和肌萎缩侧索硬化症（ ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02单管直扩38重祖先信息InDels体系的构建及其在微流控芯片系统的应用
本文基于插入-缺失多态性（Insertion-Deletionpolymorphism，InDel）遗传标记，从相关文献和dbSNP库中筛选出38个在东亚、欧洲、非洲人群中具有等位基因频率差异的祖先来源InDel位点，同时整合Amelogenin位点和Y染色体STR（DYS439）位点，以辅助未知样 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02中医药干预神经退行性疾病引起的认知功能障碍的分子机制
本文综述了中医药对阿尔茨海默症(Alzheimer"sdisease,AD)和帕金森氏症(Parkinson"sdisease,PD)引起的认知功能障碍的抗炎作用分子机制的研究进展,并讨论了中医药(如伊桐苷、芒柄花素、和厚朴酚、甘露寡糖二酸和红花类黄酮提取物等)在干预神经退行性疾病中的作用机制,具体 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02基于肠道微生态探讨黄连素在代谢性疾病中的抗炎作用
肠道菌群与能量代谢密切相关,其组成和代谢紊乱可通过多种途径导致胰岛素抵抗,肥胖和2型糖尿病。黄连素因具有减重、降糖、调脂等作用被广泛用于肥胖、2型糖尿病及非酒精性脂肪性肝病等代谢性疾病的辅助治疗；研究表明,黄连素可调节肠道菌群的组成和代谢,改善肠道微生态环境,从而改善胰岛素抵抗和代谢。本文综述了黄连 ...中科院生物物理研究所 本站小编 Free考研考试 2022-01-02
