2021年3月10日,中国医学科学院基础医学研究所王晓月团队在Genome Biology发表了“Identification of pathogenic variants in cancer genes using base editing screens with editing efficiency correction”的论文。研究以单碱基编辑工具为基础,开发出一种可以高效研究核苷酸变异功能的高通量筛选方法。
复杂疾病相关变异的功能鉴定一直是遗传学研究中的重要问题。肿瘤患者中含有大量的核苷酸变异,包括遗传性变异和体细胞变异,这些变异的致病性判断对肿瘤的风险评估、干预和治疗都具有重要的意义。受到技术限制,目前仍缺乏能够高效评估这些变异功能的高通量筛选平台。近年来,基于CRISPR/Cas9的单碱基编辑器的出现使人们可以在基因组的特定位置上实现C-T [1]和A-G [2]的单点突变,为高通量鉴定点突变的功能提供了可能。2021年2月两篇背靠背发表在Cell杂志上的文章,采用单碱基编辑器CBE (Cytosine Base Editor),对BRCA1/2等DNA损伤应答基因的部分点突变进行了高通量功能筛选[3, 4]。因为这些基因的有害突变对细胞生长有负面影响,通过碱基编辑后不同sgRNA的丰度变化,可以评估其对应的变异对基因功能的影响。然而由于单碱基编辑器工具在基因组不同位点上的编辑效率存在显著差异,并且同一个向导RNA(sgRNA)可能会在基因组上产生不止一种突变,筛选得到的sgRNA对应的基因变异效应可能并不符合预期。
针对这一问题,王晓月团队提出了结合效率校正的单碱基编辑高通量筛选方法。这一方法通过对sgRNA编辑结果的高通量测定,将sgRNA和所产生的变异精确对应,再使用一个效率校正模型去将sgRNA对细胞的效应转化为变异的致病性得分,从而提升变异功能评估的准确性(如图1所示)。作者发现,使用效率校正可将已知致病性突变的检出率提高50%以上。
图1结合单碱基编辑效率校正的鉴定有害突变的高通量筛选方法
运用这种方法,王晓月团队使用单碱基编辑工具CBE和ABE(Cytosine Base Editor)对两个肿瘤抑制基因BRCA1和BRCA2的 9000多种变异进行了高通量功能分析,共鉴定出了910种可能影响BRCA1/2功能的变异。这是目前针对BRCA1/2基因全长范围的最大规模的突变功能筛选,筛选得到的有害变异广泛分布于两个基因编码蛋白的不同结构域,为BRCA1/2蛋白的功能解析提供了新的线索。值得注意的是,鉴定出的变异中包括一些在肿瘤家系中存在、而在临床上被判定为意义不明的遗传性变异,说明这些位点的致病性可能需要重新判别。这种基于单碱基编辑的高通量筛选方法可以广泛应用于基因组不同位置的变异功能解析,将为肿瘤等疾病的遗传风险预测和精确诊疗提供重要信息。
本研究工作得到中国医学科学院医学与健康科技创新工程(2017-I2M-4-003,2019-I2M-1-004)等项目的资助。基础医学研究所王晓月教授和梁俊波博士为论文共同通讯作者,黄昌财博士和李光宇硕士为论文的共同第一作者。
论文链接:https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02305-2
基础医学研究所
2021年3月16日
删除或更新信息,请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)
王晓月团队开发基于单碱基编辑的高通量方法鉴定肿瘤变异功能
本站小编 Free考研考试/2021-12-26
相关话题/基因 鉴定 肿瘤 论文 基础医学
【快报第97期】病原所吴志强研究员等在《Microbiome》杂志发表东南亚地区主要鼠类携带病毒组特征的研究论文
2021年1月21日,中国医学科学院病原生物学研究所吴志强研究员等在Microbiome发表题为“DecodingtheRNAviromesinrodentlungsprovidesnewinsightintotheoriginandevolutionarypatternsofrodent-born ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26基础医学研究所刘德培团队发现组蛋白巴豆酰化修饰促进心肌肥厚的重要机制
2021年3月9日,中国医学科学院基础医学研究所刘德培团队在Circulation上发表题为“Short-chainEnoyl-CoAHydrataseMediatesHistoneCrotonylationandContributestoCardiacHomeostasis”的论文,研究发现Sho ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第96期】基础医学研究所杜文静团队发现NADPH调控表观遗传的分子机制与功能
2021年1月19日,中国医学科学院基础医学研究所杜文静团队在Naturemetabolism发表了“NADPHlevelsaffectcellularepigeneticstatebyinhibitingHDAC3–Ncorcomplex”的论文。研究报道了NADPH可以作为信号分子参与表观遗传状 ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第93期】基础医学研究所宋伟团队和余佳团队揭示小鼠精子发生中长链非编码RNA的动态转录组图谱并发现Gm4665在精子形成时期的重要生理功能
2020年12月16日,中国医学科学院基础医学研究所宋伟团队和余佳团队合作在基因组学领域专业期刊GenomeResearch发表了题为“PanoramictranscriptomeanalysisandfunctionalscreeningoflongnoncodingRNAsinmousesper ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第92期】基础医学研究所黄粤和余佳团队发现胚胎干细胞退出多能性的转录后调控新机制
2020年12月22日[HY1],中国医学科学院基础医学研究所黄粤和余佳团队在TheEMBOJournal发表了“hnRNPLLcontrolspluripotencyexitofembryonicstemcellsbymodulatingalternativesplicingofTbx3andBp ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第87期】基础医学研究所许海燕团队 报道难治性急性髓系白血病治疗研究最新进展
2020年9月17日,中国医学科学院基础医学研究所许海燕课题组、张卫奇课题组和血液病医院王建祥课题组合作在JournalofControlledRelease发表了“Co-deliveryofhomoharringtonineanddoxorubicinbooststherapeuticeffica ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第81期】基础医学研究所王晨轩团队在单分子水平揭示药物分子硫黄素T 以选择性寡聚态结合靶点胰淀素蛋白的微观机制
2020年8月5日,中国医学科科学院基础医学研究所王晨轩团队在ScienceAdvances发表了“MolecularrecognitionofhumanisletamyloidpolypeptideassemblybyselectiveoligomerizationofthioflavinT”的论 ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第82期】基础医学研究所马超团队揭示外周痛觉神经元FcγRI受体介导关节炎疼痛的新机制
2020年6月8日中国医学科学院基础医学研究所人体解剖与组胚学系马超团队在Arthritis&Rheumatology发表了“FcγRI-coupledsignalinginperipheralnociceptorsmediatesjointpaininaratmodelofrheumatoidar ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第77期】基础医学研究所许海燕团队等报道 CXCR4拮抗多肽纳米胶束对难治性急性髓系白血病的治疗研究成果
急性髓系白血病(AcuteMyeloidLeukemia,AML)是一种骨髓异质性疾病,约占成年急性白血病的80%,易复发和产生耐药,是白血病中死亡率最高的疾病,目前国际上AML患者的五年总生存率仅为25%左右。临床证据表明,多种类型的AML细胞表面过表达趋化因子受体CXCR4,其表达水平与AML患 ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26【快报第73期】肿瘤医院代敏研究团队在中国人群结直肠癌筛查适宜技术和方案方面取得重要进展
近年来,我国结直肠癌负担日益严重,发病率和死亡率已经位列主要癌症谱的第三位和第五位,筛查和早诊早治是降低结直肠癌负担的有效途径。近10年来,随着国家重大公共卫生服务项目逐步推进,我国很多城市和农村地区均开展了结直肠癌筛查项目。尽管现有人群筛查项目已产生了较好的社会效益,但目前适合我国人群结直肠癌筛查 ...北京协和医学院通知公告 本站小编 Free考研考试 2021-12-26