油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析
郭 俊1,2，朱 婕1,2，谢尚潜1,3，张 叶1,2，叶蓓蕾1,2，郑丽燕2，凌 鹏1,3,*1海南大学热带特色林木花卉遗传与种质创新教育部重点实验室，海口 570228；2海南大学园艺学院，海口 570228；3海南大学林学院，海口 570228
出版日期:2020-08-25发布日期:2020-08-25基金资助:海南省重点研发计划项目（S100007118001012）Development of SSR Molecular Markers Based on Transcriptome and Analysis of Genetic Relationship of Germplasm Resources in Avocado
GUO Jun1,2，ZHU Jie1,2，XIE Shangqian1,3，ZHANG Ye1,2，YE Beilei1,2，ZHENG Liyan2，and LING Peng1,3,*1Key Laboratory of Genetics and Germplasm Innovation of Tropical Special Forest Trees and Ornamental Plants（Hainan University），Ministry of Education，Haikou 570228，China；2College of Horticulture，Hainan University，Haikou 570228，China；3College of Forestry，Hainan University，Haikou 570228，China
Online:2020-08-25Published:2020-08-25摘要/Abstract
摘要： 选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序，获得18 010条序列，总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据，获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现，SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示，所有类型的SSR平均长度为18.90 bp，SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主，两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象，对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证，并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性，共扩增出219条谱带，其中171条为多态性谱带。经计算，平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致，在系数设定为0.74时可将32份油梨种质分为4大类，与地理分布有一定的关系。
中图分类号:
S 667.9
引用本文
郭 俊1,2，朱 婕1,2，谢尚潜1,3，张 叶1,2，叶蓓蕾1,2，郑丽燕2，凌 鹏1,3,*. 油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析[J]. 园艺学报, 2020, 47(8): 1552-1564.
GUO Jun1,2，ZHU Jie1,2，XIE Shangqian1,3，ZHANG Ye1,2，YE Beilei1,2，ZHENG Liyan2，and LING Peng1,3,* . Development of SSR Molecular Markers Based on Transcriptome and Analysis of Genetic Relationship of Germplasm Resources in Avocado[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2020, 47(8): 1552-1564.
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