基于叶球转录组数据比较的甘蓝杂种优势分析

李升娟，许忠民*，郭 佳，张恩慧，姜 娇，石汶汶

西北农林科技大学园艺学院，陕西杨凌 712100

出版日期:2019-06-25发布日期:2019-06-25


基金资助:国家重点研发计划项目（2016YFD0101702）；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-25）；陕西省重点研发计划项目（2018NY-059）；西安市科技计划项目（201806113YF01NC09）

Comparative Heterosis Analysis of Cabbage Based on Transcriptome Data of Cabbage Heads Leaves

LI Shengjuan，XU Zhongmin*，GUO Jia，ZHANG Enhui，JIANG Jiao，and SHI Wenwen

College of Horticulture，Northwest A & F University，Yangling，Shaanxi 712100，China

Online:2019-06-25Published:2019-06-25

摘要/Abstract

摘要： 对甘蓝两个杂交组合F1的杂种优势进行了田间性状统计分析以及叶球转录组测序分析。所调查的9个园艺学性状中，单球质量和球主叶柄质量在F1代及其亲本之间差异显著，其中单球质量的中亲优势和超亲优势在两个组合F1中表现突出，即产量杂种优势较为明显。通过叶球转录组分析，分别筛选获得了4组差异表达基因，在相同标准下，两个杂交组合中父本与F1代的差异表达基因明显多于母本与F1代的差异表达基因，表明母本的表达谱与F1更相似，即母本在F1叶球杂种优势形成中的贡献较大，而且上调差异表达基因的差异倍数明显高于下调差异表达基因，表明上调基因在F1代甘蓝叶球杂种优势建成中有重要作用。进一步将差异表达基因进行GO（Gene ontology）分类、COG（Cluster of orthologous groups of proteins）分类、KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路富集分析以及可变剪接分析，发现差异表达基因显著富集到生长发育、碳水化合物转运和代谢、信号转导以及氨基酸的合成、转运和代谢等途径。随机选取7个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证，结果与RNA-seq数据基本一致，证明转录组数据的可靠性。本研究中获得的与甘蓝叶球杂种优势形成相关的差异表达基因，为后续甘蓝杂种优势分子机制研究提供数据支持。
中图分类号:
S 635.1

引用本文

李升娟，许忠民*，郭 佳，张恩慧，姜 娇，石汶汶. 基于叶球转录组数据比较的甘蓝杂种优势分析[J]. 园艺学报, 2019, 46(6): 1079-1092.
LI Shengjuan，XU Zhongmin*，GUO Jia，ZHANG Enhui，JIANG Jiao，and SHI Wenwen. Comparative Heterosis Analysis of Cabbage Based on Transcriptome Data of Cabbage Heads Leaves[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(6): 1079-1092.





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