苹果赤霉素氧化酶基因GA2ox、GA3ox和GA20ox家族全基因组鉴定及表达分析
董 凤，樊 胜，马小龙，孟 媛，左希亚，刘小杰，李 珂，刘 桢，韩明玉，张 东西北农林科技大学园艺学院，陕西杨凌 712100
出版日期:2018-04-25发布日期:2018-04-25基金资助:陕西省重点研发项目（2017NY0055）；西北农林科技大学“仲英青年****”项目；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-27）；国家苹果改良中心杨凌分中心项目；陕西省果业发展协同中心项目Genome-wide Identification and Expression Analysis of GA2ox，GA3ox and GA20ox in Apple
DONG Feng，FAN Sheng，MA Xiaolong，MENG Yuan，ZUO Xiya，LIU Xiaojie，LI Ke，LIU Zhen，HAN Mingyu，and ZHANG Dong*College of Horticulture，Northwest A & F University，Yangling，Shaanxi 712100，China
Online:2018-04-25Published:2018-04-25摘要/Abstract
摘要： 通过生物信息学方法对苹果赤霉素氧化酶基因GA2ox、GA3ox和GA20ox的结构、化学性质、染色体分布、进化关系、启动子顺式作用元件和组织特异性表达进行分析，并通过实时荧光定量PCR对苹果花芽诱导过程中的表达水平进行测定。从苹果基因组里鉴定出41个赤霉素氧化酶基因，其中GA2ox类20个，GA3ox类14个，GA20ox类7个，除4号染色体外，其他染色体均有分布；其蛋白质分子量在13.15 ~ 60.17 kD之间，等电点预测值在5.50 ~ 9.81之间；通过聚类分析将这41个赤霉素氧化酶基因分为5个亚家族；基因结构和保守结构域分析发现这41个赤霉素氧化酶基因的外显子数1 ~ 5不等，且保守基序Motif 1、5、6、7、10为大部分基因所共有；根据苹果表达量数据库组织特异性分析发现这3类基因在不同品种、不同组织部位的表达量不同，其中在花和果实中表达量相对较高。通过‘长富2号’花芽诱导过程的转录组数据，挑选出8个基因（MdGA2ox4、MdGA2ox6、MdGA2ox9、MdGA2ox12、MdGA3ox5、MdGA3ox12、MdGA20ox1和MdGA20ox5）进行实时荧光定量PCR分析，结果发现，GA3处理后，花后不同时期GA20ox类氧化酶基因表达量均下调，GA2ox类氧化酶基因表达量均上调，GA3ox类氧化酶基因表达量则出现相对波动的现象。
中图分类号:
S 661.1
引用本文
董 凤，樊 胜，马小龙，孟 媛，左希亚，刘小杰，李 珂，刘 桢，韩明玉，张 东. 苹果赤霉素氧化酶基因GA2ox、GA3ox和GA20ox家族全基因组鉴定及表达分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(4): 613-626.
DONG Feng，FAN Sheng，MA Xiaolong，MENG Yuan，ZUO Xiya，LIU Xiaojie，LI Ke，LIU Zhen，HAN Mingyu，and ZHANG Dong*. Genome-wide Identification and Expression Analysis of GA2ox，GA3ox and GA20ox in Apple[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(4): 613-626.
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