苹果全基因组CRF家族成员鉴定及在不定根发育过程中的表达分析
李 珂，刘 桢，雷 超，左超然，董 凤，孟 媛，毛江萍，韩明玉，张 东*西北农林科技大学园艺学院，陕西杨凌 712100
出版日期:2018-04-25发布日期:2018-04-25基金资助:陕西省重点研发项目（2017NY0055）；西北农林科技大学“仲英青年****”项目；国家现代农业产业技术体系建设专项资金项目（CARS-27）；国家苹果改良中心杨凌分中心项目；陕西省果业发展协同中心和陕西果业发展项目Genome-wide Identification and Expression Analysis of CRF Family Gene During Adventitious Root Development in Apple
LI Ke，LIU Zhen，LEI Chao，ZUO Chaoran，DONG Feng，MENG Yuan，MAO Jiangping，HAN Mingyu，and ZHANG Dong*College of Horticulture，Northwest A & F University，Yangling，Shaanxi 712100，China
Online:2018-04-25Published:2018-04-25摘要/Abstract
摘要： 通过生物信息学分析，从‘金冠’苹果基因组鉴定得到了11个细胞分裂素响应因子（CRF）基因。根据基因在染色体上的位置，将其依次命名为MdCRF1 ~ MdCRF11，并对其进行理化特性、基因结构、系统进化和启动子元件分析。MdCRF编码的蛋白在137 ~ 435 aa之间，等电点在4.26 ~ 9.68之间。基因结构分析发现，MdCRF1有2个外显子1个内含子，MdCRF11有3个外显子2个内含子，其余基因都只含有外显子，没有内含子；保守基序列分析发现，MdCRF蛋白的保守基序数量在5 ~ 9。通过系统进化分析将家族成员分为G1、G2和G3共3个亚组，每个亚组内成员数量相对均匀。组织特异性表达分析发现11个基因在不同杂交种苹果和不同器官中的表达量存在明显差异。以苹果砧木‘T337’为材料，qPCR验证了MdCRF家族基因大部分在根、茎、愈伤组织中高表达，同时也响应生根处理表达量发生显著下调。对11个MdCRF蛋白之间的网络调控关系进行了研究，分析预测了相关基因间的潜在联系。结合分析可知，其中MdCRF8、MdCRF10和MdCRF11可能参与调控苹果砧木不定根发育。
中图分类号:
S 661.1
引用本文
李 珂，刘 桢，雷 超，左超然，董 凤，孟 媛，毛江萍，韩明玉，张 东*. 苹果全基因组CRF家族成员鉴定及在不定根发育过程中的表达分析[J]. 园艺学报, 2018, 45(4): 627-640.
LI Ke，LIU Zhen，LEI Chao，ZUO Chaoran，DONG Feng，MENG Yuan，MAO Jiangping，HAN Mingyu，and ZHANG Dong*. Genome-wide Identification and Expression Analysis of CRF Family Gene During Adventitious Root Development in Apple[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(4): 627-640.
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