平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选
程云清，张丽娜，赵永斌，刘剑锋*吉林师范大学植物资源科学与绿色生产重点实验室，吉林四平 136000
出版日期:2018-01-25发布日期:2018-01-25Analysis of SSR Markers Information and Primer Selection from Transcriptome Sequence of Hybrid Hazelnut Corylus heterophylla × C. avellana
CHENG Yunqing，ZHANG Lina，ZHAO Yongbin，and LIU Jianfeng*Jilin Provincial Key Laboratory of Plant Resource Science and Green Production，Jilin Normal University，Siping，Jilin 136000，China
Online:2018-01-25Published:2018-01-25摘要/Abstract
摘要： 对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘，以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中，共找到35 604条SSR序列；其中，单、二、三核苷酸重复为高频类型，其数量及所占百分比分别为：10 102（28.37%）、16 543（46.46%）、7 035（19.76%）；在单核苷酸重复中，A/T重复最多（28.13%）；二核苷酸重复中，AG/CT（35.79%）、AT/AT（7.47%）、AC/GT（3.17%）最为丰富；三、四、五、六核苷酸重复中，比例最高的重复序列分别为：AAG/CTT（7.24%）、AAAG/CTTT（0.33%）、AAAAG/CTTTT（0.38%）、AAAAAG/CTTTTT（0.15%）。依据转录组中的SSRs序列信息，随机合成了60对引物，并对含平榛（Corylus heterophylla Fisch）、平欧杂交榛（C. heterophylla × C. avellana）、欧洲榛（C. avellana）及毛榛（C. mandshurica Maxim.）的25份材料进行了PCR扩增和毛细管电泳，找到7对多态性良好的引物，其PIC（Polymorphism Information Content）值为0.35 ~ 0.70，获得多态性条带52条；UPGMA（Unweighted Pair Group Method Analysis）聚类结果显示，上述引物可将这些种质进行准确区分。以上研究初步明确了平欧杂交榛转录组中SSR的分布特征，为其遗传连锁图谱构建等研究提供了科学依据。
引用本文
程云清，张丽娜，赵永斌，刘剑锋*. 平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选[J]. 园艺学报, 2018, 45(1): 139-148.
CHENG Yunqing，ZHANG Lina，ZHAO Yongbin，and LIU Jianfeng*. Analysis of SSR Markers Information and Primer Selection from Transcriptome Sequence of Hybrid Hazelnut Corylus heterophylla × C. avellana[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2018, 45(1): 139-148.
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