病理与病理生理学硕士点主要培养目标是通过理论和实验教学，掌握病理与病理生理学学科坚实的基础理论和系统深入的专业知识，能够独立从事本专业教学、科研和临床病理诊断工作。病理与病理生理学是临床医学的主干学科，该学科专业近年来建设发展较快，学术队伍结构合理齐全，师资力量雄厚。目前导师队伍中有教授4人，副教授及副主任医师8人，讲师11人，具有博士学位2人，硕士学位10人；安徽省跨世纪人才1人,安徽省高校学科带头人1人; 病理生理学课程2004年被省教育厅列为安徽省省级精品课程，其教学实验室2003年列为安徽省首批实验教学示范中心。学科学术研究方向稳定，成果显著，曾先后主持完成国家自然科学基金、卫生部科研基金、安徽省自然科学基金、省教育厅和卫生厅自然科学基金等资助的科研课题项目，发表学术论文200余篇, 其中被SCI收录12篇，出版学术专著和教材18部，先后获得安徽省科技进步奖、安徽省自然科学奖、安徽省优秀教学成果奖等；学科现正承担省自然科学基金课题、省教育厅和卫生厅科研课题以及其它课题共10项，目前拥有蛇毒研究室、心血管功能研究室、肿瘤分子病理研究室三个专业实验室和附属弋矶山医院病理科实习基地，并拥有一批先进的实验仪器和设备，如：高速冷冻离心机、全自动酶标仪、血液生化分析仪、生物信号分析处理系统、核酸蛋白分离层析系统、微循环显微观测和病理图象分析系统、血凝仪、黏度计、血栓弹力仪、血小板聚集仪、LeiCA冰冻切片机、荧光照相显微镜等，价值200余万元。
病理与病理生理学硕士点负责人和学科主要学术带头人张根葆教授是皖南医学院基础医学部负责人，病理生理学教研室主任，省级精品课程和实验教学示范中心负责人、安徽省“十五”优秀人才计划首批学科带头人培养对象，中国病理生理学会理事、安徽省病理生理学会常务理事，在蛇毒毒理和DIC研究中取得显著成绩。
学科主要研究方向：
蛇毒的基础与应用研究：皖医蛇毒研究室的蛇毒研究历经三十余年，是国内最早开展蛇毒毒理研究的机构之一，是安徽省地方特色研究，研究成果尖吻蝮蛇毒中毒患者并发类DIC机理、五步蛇毒类凝血酶单克隆抗体的研制、凝血酶制取专利产品均具有重要价值；目前侧重于探讨蛇毒抗凝组分影响血管内皮细胞功能和影响肿瘤细胞转移的分子学基础。
心血管病理生理学研究：本方向主要通过分子生物学手段研究常见心血管疾病过程中血管内皮细胞功能障碍与缺血再灌注心肌损伤的病生机制，为动脉粥样硬化、高血压、冠心病等心血管疾病的有效防治提供重要的理论和实验依据。
肿瘤分子病理学研究： 该研究方向利用免疫组化、分子杂交、PCR等手段，从分子病理学角度研究消化道肿瘤的发生机制并探讨与肿瘤的相关预后因素。
