①渔业经济与产业发展
主要研究海洋经济、渔业经济理论，渔业产业等，本方向研究以渔业资源开发与利用的区域特色和区域模式为基础，构建有中国特色的渔业区域经济理论体系，为渔业职能部门决策服务、为提高渔业经济效益服务、为繁荣渔区经济和推动渔业技术进步服务。近五年，主持了科研项目18项，其中省部级项目7项、浙江规划重大招标重点项目1项、浙江省软科学项目4项、国家软科学项目子课题1项；主持舟山地区社会、经济发展规划项目横向课题7项，为舟山地区经济发展提供了决策的参考和借鉴。
②市场经济与水产品流通
主要研究网络经济和贸易理论，为水产品贸易理论与新经济的结合寻求新的理论支撑和整合途径。重点探讨网络经济时代水产品交易的新模式和新途径，将传统交易与新兴的网络营销、电子交易及在线支付、在线社区管理等结合起来，寻求降低水产企业成本、出口转内销、低碳高效的商务模式。近五年，主持了“我国海洋渔业投入产出控制政策研究”，“浙江省海洋产业演进与产业结构优化研究”等一批省级科研项目，发表、出版“海洋公共政策研究”，《我国海洋渔业投入产出控制政策面临问题的思考》，《关于构建我国新型海洋经济组织制度的思考》论文（论著）多篇（部），获得多项科研及教学奖励。
③渔业产业政策与制度
主要研究渔业政策与法规、渔业产业政策与经济组织制度安排、渔业可持续发展理论等问题，探索可持续发展的、有中国特色的渔业产业政策体系、法律体系的构建，完善可持续发展渔业政策的理论基础。为政府制定中国渔业产业政策提供理论根据，为中国渔业产业可持续发展提供智力支持。近五年来，主持完成或正在研究的省部级及以上项目3项，其中国家社科基金项目1项，完成地方政府委托的横向研究项目5项。为地方渔业产业政策的制定提供了大量智力支持。
（二）农业推广硕士专业学位
1、养殖领域095105
养殖领域（095105）是有关该领域应用技术开发与推广的专业性学位，侧重于水产养殖种质种苗、安全养殖工艺与技术、养殖水域环境管理与评估方面新技术开发与应用，为水产养殖有关教育、科学研究、开发、以及技术推广与管理部门培养应用型、复合型高层次技术和管理人才。
养殖领域依托水产养殖学校重点学科、海洋生物学省重点学科（海洋生物学硕士学位点）和“海洋渔业科学与技术”浙江省重中之重学科，主要面向种质与种苗工程、安全养殖技术、现代养殖设施工程技术及水域环境管理与评估等方向开展人才培养。
养殖领域设有国家海洋设施养殖工程技术研究中心、浙江省海水增养殖重点实验室、深水网箱省级高新技术研究开发中心、中俄浙江东海海洋养殖工程技术研究中心、中挪海水鱼类营养与饲料联合实验室、农业部渔业环境及水产品质量检验监督测试中心（舟山）、浙江省海水养殖病害防治中心、渔业科学研究所、海洋科学研究所等科研机构，设有博士后科研工作站，配有海水养殖装备与工程技术重点实验室、生物化学与分子生物学重点实验室、海水养殖生物遗传与发育实验室、海洋生物资源和分子工程实验室、水产养殖、海洋生物等水产养殖相关实验室，并与国内外相关科研院校、渔业主管部门和渔业生产企业建立了良好的合作关系。现有专业教师及科研人员36名，其中具有正高职称的12名，副高职称的16名，博士学位11名，其中国家有突出贡献中青年专家、全国劳动模范、全国优秀农业科技工作者、省农业科技突出贡献者入选浙江省“151人才工程”重点资助对象各1名、省农业科技先进工作者和省中青年学科带头人各2名。
历年来，养殖领域在学科在对虾工厂化全人工育苗、海带南移养殖、紫菜养殖、深水网箱养殖技术、水生生物高产安全精养模式、滩涂敌害防控等方面取得了一批在国内有较大影响力的科研成果，曾获国家科技进步一、二、三等奖各1项、全国科学大会奖3项、省部级科技奖励20多项，为我省乃至我国的水产养殖事业的发展做出了积极的贡献，赢得了良好的社会声誉。
近年来养殖领域先后承担了国家“863”、国家科技支撑计划和农业部、教育部、海洋局及浙江省科技厅等省部级以上项目60余项，出版《深水网箱养殖技术》等著作和教材10余部，发表论文300余篇。
2、渔业领域095108
渔业领域农业推广硕士专业学位是有关该领域应用技术开发与推广的专业性学位，侧重于渔业新技术开发与应用，为渔业有关教育、科学研究、开发、以及技术推广与管理部门培养应用型、复合型高层次技术和管理人才。 
渔业领域依托捕捞学、渔业资源学、水产养殖学、海洋生物学学科、海洋渔业科学与技术学科，主要面向现代渔业工程、海洋生物资源与环境和渔业管理等方向开展人才培养。捕捞学始建于1958年的舟山水产学院，是省内唯一设置的学科，1997年起捕捞学学科被浙江省教委批准为省重点学科，2004年海洋生物学学科被省教育厅批准为省重点学科，2008年，海洋渔业科学与技术专业被列为省重中之重学科。渔业资源学、水产养殖学均为校级重点学科。2006年捕捞学和海洋生物学学科获硕士学位授予权，目前已招收七届硕士研究生。
在渔业领域，学校设有农业部渔业环境及水产品质量检验测试中心、东海区渔业资源动态监测网浙江省监测站、浙江省海水增养殖重点中试基地、浙江省渔业环境监测站、浙江省远洋渔业培训中心、深水网箱省级高新技术研究开发中心、浙江海洋学院渔业科学研究所、海洋资源与环境科学研究所等多个科研机构。建有海洋渔业、资源与环境、海洋生物等一批水产类实验室。并与国内外相关科研院校、渔业主管部门和渔业生产企业建立了良好的合作关系。
渔业领域现有专业教师及科研人员60余名，其中具有正高职称的14名，副高职称的30余名，博士学位10余名，享受国务院特殊津贴5名，入选浙江省“151人才工程”第一、二层次5名，省中青年学科带头人5名，全国劳动模范1名，省农业科技突出贡献奖1名，省农业科技先进工作者2名。
历年来，渔业领域曾获国家科技进步一、二、三等奖各1项、全国科学大会奖6项、省部级奖50多项，为我省乃至我国渔业的发展做出了积极的贡献，赢得了良好的社会信誉。近5年来，渔业领域承担了国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金、国家“863”计划项目、国家星火计划项目、浙江省科技厅重大攻关项目、省自然科学基金等科研项目90余项，研究经费近7000万元，获国家和省部级科研成果奖近20项，出版著作/教材20余部，发表学术论文300余篇，若干领域研究水平和众多研究项目居国内先进、省内领先水平。
3、农业机械化领域095109
农业机械化领域以农业机械化尤其是渔业机械化为宗旨，主要为渔政管理、渔船检验、渔船设计制造管理与维护、水产养殖、水产品加工等企事业单位和管理部门培养与该领域相关的应用型、复合型高层次人才。
农业机械化领域主要研究方向有：现代渔船与捕捞装备、水产机械化工程和渔业机械现代化。现代渔船与捕捞装备方向主要研究现代渔船设计建造方法、渔船轮机工程与管理、新船型开发与节能、捕捞装备等；水产机械化工程方向主要研究海洋牧场工程装备、设施渔业工程装备,高密度、集约化、机械化、工厂化水产养殖装备，水产品活体运输设施以及水产品精深加工装备等；渔业机械现代化方向主要研究以“绿色、安全、高效、节能”为目标，研究和推广渔船、渔机、渔仪、渔具的标准化、自动化和信息化。
本领域开设有机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、机械电子工程、船舶电子电气、电子信息工程、建筑环境与设备工程、船舶与海洋工程、海洋工程与技术、土木工程、港口航道与海岸工程等9个全日制本科专业。其中，船舶与海洋工程专业为国家级特色专业、省特色优势专业，机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化省重点专业。“船舶与海洋工程”为省一级重点学科。
本领域现有教授15名、博士20名，博士生导师1名，硕士生导师36名；省教学名师2名，省中青年学科带头人5名，省151人才工程人才6名。
本领域建有“浙江省船舶工程重点实验室”、“浙江省船舶先进制造技术研发中心”、“浙江省挤出机工程技术研究中心”、“舟山造船技术区域科技创新服务中心”、“舟山海洋腐蚀与防护研究发展中心”、“先进制造技术研究所”、“船舶机电研究所”等多个省市校级研究机构。建有机械基础实验室、先进制造技术实验室、自动化中心、船舶工程技术实训中心、船舶与渔具水动力实验室、船舶设计与建造实验室、船舶操纵性实验室、船舶CAE实验室、新船型开发实验室、渔船建造仿真实验室、流体力学实验室等。实验室面积9000多平方米，拥有10万元以上仪器设备140多台，仪器设备值1739.5万元。
近5年来，该领域承担了国家、省部级及其他项目近100项，累计科研经费近5000万元；获省部级科学技术奖5项；出版著作/教材20余部，发表论文500余篇，SCI、EI、ISTP收录近200篇。
4、农村与区域发展领域095110
农村与区域发展领域的主要研究方向有：区域经济与管理、新农村政治与社会发展、农村文化建设与区域发展。区域经济与管理方向主要研究海洋产业政策与发展、港口物流与海洋货运、海洋旅游开发与海洋旅游产业、农（渔）业技术推广项目设计与规划、农（渔）产品贸易与营销、农（渔）业新技术试验示范与新产品开发管理等。新农村政治与社会发展方向主要研究农（渔）村民主体制建设与改革、农（渔）村组织建设与管理、农（渔）村生态环境建设与管理、农（渔）村教育发展与管理、农（渔）村基层管理信息化等。农村文化建设与区域发展方向主要研究文化产业、文化体制改革、文化资源开发与规划、农村和农民文化、农村文化信息与传播、农业文明史、民俗学、民间文化等，为农村基层单位和管理部门培养与文化建设工作有关的，具有宽阔视野、创新意识和独立从事农村文化管理、开发和研究能力的复合型高层次人才。
本领域现有专业师资100余名，其中教授28名，副教授（含副研究员、高级工程师）41名，获博士学位20名，硕士学位40余名，享受国务院特殊津贴1名，入选浙江省“151人才工程”2名，省高校中青年学科带头人3名，舟山市专业技术拔尖人才5名。建有港口物流实验实训中心、企业信息管理实验室、商务实验室、海洋旅游实验室等，实验室面积近1500m2，实验仪器设备价值800多万元。培养农村区域发展领域农业推广硕士的主要仪器设备基本齐全。配备了电脑、多媒体等设施设备的研究生学习室200m2，既可供60名研究生同时上机学习，也可用于开展研究生的小型研讨和论坛。建有文化和管理类图书资料室二个，拥有中外文藏书十余万册，中外文期刊150余种，并开通了“超星电子图书”、“中国期刊全文数据库”、“中国优秀博硕士学位论文全文数据库”、“万方数据库”、“EBSCOhost”、“SpringerLink”等中外文图书、期刊网站。
自2007年以来，本领域教师承担国家级和省部级重大项目20余项、省部级一般科研项目80余项、厅局级重点项目百余项，同时，每年还承担了多项地方服务课题，年科研经费在600万元以上，科研成果丰硕。海洋管理、海洋产业经济、海洋旅游、港口物流、海洋文化等若干研究领域水平和部分研究项目居国内先进、省内领先水平。其中中国古代文学学科组承担的黄式三、黄以周著作整理项目被列为国家清史工程、省文化研究工程和舟山市重大文化工程，在东海区域文化研究及文化建设方面取得了丰硕成果。
5、农业科技组织与服务095111
农业科技组织与服务领域的主要研究方向有：农业科技组织与产业发展、农村公共事业管理、农业教育管理。农业科技组织与产业发展方向主要运用现代管理学、产业经济学、发展经济学相关理论，研究我国农业科技组织的基本架构、投资体制、农业科技服务体系的改革路径、农业法规政策与农业知识产权保护、农业科技与产业发展的联动性特征和实践性等问题。农村公共事业管理方向主要运用公共管理学相关理论，研究农业科技、教育、文化等公共服务事业的功能定位、政策推动和发展路径、农村科技园区建设、科技成果的孵化管理与推广转化、农村信息网络技术应用与推广、城乡联动的基础设施建设等问题等。农业教育管理方向综合运用教育学、管理学相关理论，研究农业科技推广中的教育、培训及技术传播方法等问题。