①海洋食品质量与安全
研究水产品中渔药、重金属、过敏源等危害成分的风险评估与快速检测技术；研究内源性有害成分的性质及其在加工贮藏中变化规律、控制及除去方法；研究水产品质量标准的制定及安全生产的监控体系等。
②海洋生物利用与加工
研究水产品贮藏特性以及新型保鲜加工利用技术；研究水产品功能成分提取制备和应用；研究远洋渔业资源以及低值与废弃水产资源的可持续利用；研究海洋微生物工程化利用技术等。
③海洋生物制品
研究海洋蛋白及多肽、多糖、脂质的制备工艺、理化特性和生理活性；研究与开发以海洋蛋白及多肽、多糖、脂质为原料的高附加值保健食品、医用食品和护肤系列精细化工产品；研究海洋生物制品及其原料的中间体质量控制技术及其质量标准的制订。
④海洋药物
研究海洋动物、植物和微生物中药物先导化合物的快速发现和结构表征技术；研究海洋先导化合物的结构优化技术与构效关系：研究海洋活性次级代谢产物的调控机制；研究海洋药物的活性筛选与功效评价技术；研究以海洋功能寡糖和多肽等为原料的创新药物的工程技术。
2、船舶与海洋工程0824
船舶与海洋工程一级学科主要围绕船舶与海洋工程产业发展需要，在船舶水动力学、船舶结构力学、船舶建造工艺力学等基础理论和新船型开发、水动力综合节能、精度造船与海工结构物设计与维护等应用技术开展系统研究，解决了数字化造船、船舶综合节能、海洋工程结构检测分析等技术难题，特别是大型散货船的建造精度控制、远洋渔船综合节能等技术为浙江省相关产业发展提供了强有力的技术支撑。
本学科所在单位地处我国八大造船企业集聚区域之一的舟山市，得天独厚的地理位置优势为“船舶与海洋工程”学科的发展提供了良好的产、学、研结合办学的条件。本学科所支撑的“船舶与海洋工程”专业为国家级特色专业与省特色优势专业建设点；本一级学科为浙江省重点学科。本学科拥有设备先进的浙江省船舶工程重点实验室、船舶与渔具水动力实验室，建有浙江省船舶先进制造技术研发中心，为我省本学科的人才培养和科学研究提供了充分保障。近年来大力推行创新人才培养模式改革，在学科建设、团队建设和人才培养模式上取得了一系列成果。
学科队伍现有教授15名、博士20名，博士生导师1名，硕士生导师36名；教育部教学指导委员会委员1名，省教学名师2名，省中青年学科带头人3名，省151人才工程人才6名；拥有船舶与海洋工程专业省级教学团队、船舶与临港工程类省级人才培养模式创新实验区、船舶与港航工程国家级实验教学中心和工程教育国家级大学生校外实践教育基地；获省级教学成果二等奖3项。近5年来，在船舶动力综合节能、船型优化、精度造船、海洋工程结构分析技术及海洋能开发利用等方面承担了国家、省部级及其他项目近100项，累计科研经费近5000万元；获省部级科学技术奖5项；出版著作/教材20余部，发表论文500余篇，SCI、EI、ISTP收录近200篇。
1）船舶与海洋结构物设计制造082401
本二级学科主要从事现代船舶设计与制造技术、高性能船舶研究与船型开发、船舶技术经济与管理等领域的研究。承担了“基于快速响应客户需求的船舶异地同步设计开发平台开发”和“多Agent和本体技术在船舶产品协同设计中的应用”等多项科技项目，将数字化生产设计技术、腐蚀余量控制技术以及船体结构直接设计技术应用于三大主力船型的设计中，提升了我省大中型船舶的设计能力；承担了“船舶建造精度控制关键技术攻关与产业化应用”、“大型船舶数字化建造关键技术研究与示范”等多项科技攻关项目，将无余量控制技术、工艺流程再造技术、整体吊装技术以及涂层控制技术应用于散货船和集装箱船的建造，提高了我省船舶建造精度控制技术；承担了“海洋渔船船机桨有效匹配研究”、“大型散货船节能船型研发与示范”等多项科技攻关项目，将船型及螺旋桨优化技术应用于散货船以及渔运船、拖网渔船、拖虾渔船的设计中，开发了具有自主知识产权的节能船型和推进器。主要研究方向及内容如下：
1）现代船舶设计与制造
本方向主要从事船舶与海洋工程结构物的环境载荷与流固耦合、可靠性全寿命风险评估与决策、疲劳极限强度、船舶碰撞以及新设计与制造方法等研究。在船舶环境载荷、疲劳强度、数字化生产设计、腐蚀余量控制、涂层控制、工艺焊接以及精度安装等技术开展了深入研究，并已将上述技术广泛应用于新船型的设计与建造。
2）高性能船舶研究与船型开发
本方向主要以理论方法、数值计算和科学试验为手段开展高性能船舶水动力性能、动力响应以及船型优化研究，以当代先进的粘性流数值模拟技术开展船舶阻力理论计算方法与船舶推进器水动力学理论研究，并通过船舶的操纵运动水动力性能与船舶倾覆机理研究实现高性能船舶的航行安全。
3）船舶技术经济与管理
本研究方向主要开展船舶与水运系统技术经济论证与优化、现代造船模式实现与船舶企业管理等领域的研究，在水运建设项目规划和综合评价、港口集疏运网络优化、船舶资产评估与定价、船舶的经济可行性论证、造船企业管理现代化等方面开展深入研究，为船舶与航运产业解决发展战略规划、现代管理和技术经济等方面的问题。
2）轮机工程082402
本二级学科主要从事现代船舶动力工程及配套设备、船舶电气及其自动化、船舶安全与污染控制等领域的研究。承担了“海洋渔船船机桨有效匹配研究”、“新型船用外行星摆线针轮液压马达设计与研究”等多项省部级科技项目，将齿轮箱双速比优化技术、螺旋桨节能优化技术、柴油机余热利用技术以及综合节能评估技术等应用于船舶轮机的综合管理；承担了“海洋潮流能水轮机过流部件磨蚀问题的研究”、“节能型船舶水下液压震荡清洗设备的研制和开发”、“船舶螺旋桨缠绕异物预防与排除技术”、“海洋环境下新型水基铁锈转化剂的研究与开发”等多项攻关项目，将水下液压震荡清洗技术、新型水性铁锈转化剂等应用于船舶的安全航行及防护；承担了“基于现场总线技术的船舶机舱监控系统的研制”、“GPS船用导航仪的研制应用”等多项科技攻关项目，将现场总线技术、GPS定位技术等应用于船舶设备及轮机的监测与控制；承担了“晃荡液货舱原油热质耦合传递动力学研究”、“台风灾害天气浙江沿海锚泊水域船舶安全保障关键技术研究”和“基于液货泄漏的船舶及港口风险评估及应急信息系统研究”等国家自然科学基金、浙江省重大专项等项目，开发了油船等特种船舶安全工程、风险评估以及船舶溢油污染控制技术。主要研究方向及研究内容如下：
1）船舶动力工程及配套设备
本研究方向主要以船舶动力装置与系统以及辅助设备为研究对象，依托工程热力学与传热学、机械原理、液压原理等知识基础，确立系统节能、效率提高等手段实现船舶动力装置优化为发展方向，科学研究主要涉及动力设备与系统优化设计、安装工艺、船舶机电配套设备开发、船舶节能减排与防腐技术等。
2）船舶电气及其自动化
主要以船舶机械设备与系统为研究对象，依托电子电工学、自动控制理论等知识基础，确立船舶动力自动化、智能化、数字化为发展方向，科学研究主要涉及动力设备与系统参数检测、运行优化、船舶推进系统控制、船舶通信与导航等技术环节。
3）船舶安全与污染控制
本研究以船舶运行过程为研究对象，依托安全科学、环境科学等知识基础，确立船舶运行安全与海洋环境保护等生态化为发展方向，以“绿色船舶、安全航海、清洁海洋”为目标，科学研究主要涉及船舶设备安全防护、溢油污染控制、压载水处理及船舶废气排放控制等技术环节。
3）海洋工程0824Z1
本二级学科主要从事海洋工程技术研究、海洋结构物与海床相互作用、近海可再生能源开发与利用等领域的研究。承担了多项海洋平台结构强度与水动力分析以及深海立管研究的国家自然科学基金项目，进行了海洋工程结构与地基之间的相互作用研究及深海立管的涡激振动研究，并研究近海与海岸结构物的冲刷特性、海岸结构的抗震机理；承担了多项波浪能发电、潮流能发电及海上风力发电等可再生能源方面的省部级以上课题。主要研究方向及研究内容如下：
1）海洋工程结构动力性能研究
本方向主要开展海洋环境载荷作用下的海洋平台结构强度计算、海洋平台结构损伤检测及新型海洋平台开发与设计、海洋立管分析与研究、海底管道动力特性等方面的研究，重点研究风、浪、流作用下结构的动力特性及新型海洋工程结构的开发设计、振动与噪声及动力检测技术等。
2）海洋结构物与海床相互作用
本方向主要开展海洋工程环境下，海岸和近海建筑物或构筑物与海床的相互作用理论，在海洋土力学、海床动力学、海岸动力学等基础上，研究海工建筑物的结构可靠性和工程防护措施，提出新工艺、新方法，提高海工建筑物的整体稳定性和承载性能。
3）近海可再生能源开发与利用
本方向主要进行波浪能、潮流能和海上风能等海洋能源利用技术与开发工程的研究。基于海洋流体动力学和能源转换的基础理论研究,研制恶劣海况条件下经济、安全可靠的海洋能电站新型工程结构和高转换效率的发电系统，进行水动力参数附加质量、阻尼、环境荷载等的耦合匹配优化设计，成功地研究并制造出了高效波浪能发电装置；并进行风力发电装置的优化和结构噪声分析，以及多种能源综合开发利用技术。
3、水产0908
水产一级学科主要围绕东海渔场尤其是浙江渔场渔业发展需要，在渔业生物学、渔具力学、渔网制作与网片剪裁工艺学、渔业经济学等为代表的基础理论以及渔场调查与预报、渔具革新、水产苗种培育与养殖、渔业环境保护和增殖放流、渔业管理等应用技术方面开展系统研究，在浙江省海洋捕捞、水产苗种繁育和养殖技术、渔业产业经济发展与渔业管理等方面作出了重要贡献，特别是捕捞网具改革、渔业资源调查与渔业管理技术等方面已成为浙江省海洋渔业发展的唯一人才培养和技术支撑单位。本学科现为浙江省水产学会捕捞与渔船渔机专业委员会主任委员单位、浙江省水产学会资源与环境专业委员会主任委员单位，建有南麂列岛国家级海洋自然保护区研究生科研实习基地等一批校外基地。
本学科经过50多年的建设和发展，已形成以“海洋渔业科学与技术”省重中之重学科和“水产”省级重点学科为依托，下辖“水产养殖”、“捕捞学”、“渔业资源”布局的学科体系；拥有成建制进入的浙江省海洋水产研究所，有国家海洋设施养殖工程技术研究中心、浙江省海洋渔业装备技术研究重点实验室和浙江省海水增养殖重点实验室等8个国家和省级科研平台；建有“水产”省级实验教学示范中心，以及海洋渔业等10个校内教学研究型实验室和中央财政专项资金远洋渔业科学平台实验室，渔具水动力实验室为国内水产类院校中高水平的渔具研究实验室。“海洋渔业科学与技术”本科专业为国家级特色专业建设点，也是浙江省十二五优势建设专业。
本学科长期致力于基础理论研究和适应现代渔业发展需要的应用技术研究。风帆渔船动力化等6项研究成果获全国科学大会奖，对虾工厂化全人工育苗技术、东海群系带鱼资源变动和管理技术、中国对虾移植放流技术，分别获国家科技进步一、三、二等奖；同时获得省部级奖50多项；提出的“伏季休渔”、“拖虾休渔”建议被国家采纳并分别实施；近5年，承担国家自然科学基金、国家科技支撑计划等省级以上项目近60项，研究经费5000多万元；出版著作和教材20余部，发表学术论文300余篇，获省部级奖10多项。
本学科成员现有正高职称40余名，博士学位30多名。有中国水产学会常务理事1名，农业部渔具专家2名，有3名分别任浙江省水产学会3个专业委员会主任委员；有国家有突出贡献中青年专家、国家优秀农业科技工作者、教育部教学指导委员会专家、享受国务院特殊津贴者、省“151”人才、省高校中青年学科带头人等18名。