一、历史沿革
上海交通大学医学院基础医学一级学科建于1955年,在我国医学教育和研究发展史上具有举足轻重的作用,拥有一批我国基础医学学科的创始人和开拓者。1981年免疫学、病原生物学等被批准为首批二级学科博士学位授权点，2000年基础医学被批准为一级学科博士学位授权点，并设立博士后流动站。目前基础医学拥有博士生导师52名，硕士生导师43名。
经过多年的建设，基础医学现有国家重点实验室2个；省部级重点实验室4个；省部级重点学科9个。2007年建立了教育部“985工程”二期科技创新平台建设项目“医学科学研究院”。
二、学术队伍情况
目前基础医学有专任教师及研究人员315名，其中具有博士学位127名，中国科学院、工程院院士2名，****特聘教授 2名，****讲座教授1名，国家杰出青年基金获得者3名，百千万人才工程一二层次入选者3名，教育部新世纪人才2名。近两年每年从国外引进科学家2－4位，已组建了干细胞分化、发育生物学、细胞信号传导和免疫调节等方向下新的研究团队。
三、科研及成果情况
2005年～2007年期间，本学科共获中华医学科学技术奖一等奖1项、二等奖2项、三等奖2项；获高等学校科学技术一等奖1项、二等奖1项；获全国人口和计划生育科技成果二等奖1项；获中国中西医结合学会科技三等奖1项；获上海市科技进步一等奖1项、三等奖3项；获发明专利18项。
2005年～2007年期间，本学科共出版学术专著 6部，共有389篇论文被CSCD收录，277篇论文被SCI收录；113篇论文被EI或MEDLINE收录。
2005年～2007年期间，本学科科研项目共有109项，其中973计划9项、863计划12项、国家科技支撑计划1项、国家自然基金项目82项、境外合作科研项目4项。科研总经费达到16136.36万元； 其中境外合作科研项目经费1810万元；境内国家级科研项目经费 8283.67万元。
四、培养研究生情况
2005～2007年间，上海交通大学医学院共授予基础医学博士学位 90 名，授予硕士学位 141 名，其中有7名研究生获得上海市研究生优秀成果（学位论文）奖。
五、主要研究方向
本学科根据当前我国和上海市社会老龄化和生活方式改变引起的疾病谱改变，结合国家中长期科技发展战略和本市医疗卫生发展目标，以基础医学研究为基点，在现有学科和研究方向中聚焦肿瘤、感染和免疫性疾病和神经退行性疾病三类常见人类疾病，并利用模式生物体、分子细胞生物学、蛋白组学等技术，从病理学、病理生理学和病原学角度以及细胞信号调控分子层面进行发病机制的研究。主要研究方向分4个部分：1．医学分子细胞生物学：当前基因组研究为生物医学带来了一场革命。大规模基因组测序提供的丰富信息解码了基因编码蛋白的氨基酸序列。因此，在后基因组时代，围绕细胞活动和生命现象的表观遗传学研究和蛋白质研究已经成为生命科学制高点。该研究部分有以下几个主要方向：（1）蛋白质类泛素修饰与肿瘤（2）活性氧调控的蛋白质修饰与肿瘤（3）肿瘤发生和发展的分子机制（4）神经损伤和神经退行性疾病的细胞和分子生物学(5)神经退行性疾病的化学生物学2.医学遗传学与生殖医学: 生殖、发育异常是当今人类面临的重大现实问题，研究生物体如何从一个受精卵或多能干细胞经过胚胎细胞增殖、分化、器官形成最终发育成为个体并进一步生殖繁衍的规律和分子机理，揭示人类生殖、发育异常的发病机制，寻找更有效的诊断、治疗及预防手段已成为生命科学研究领域亟待解决的关键科学问题。该研究部分有以下几个主要方向：(1)胚胎干细胞增殖和分化的调控研究(2)哺乳动物发育重要过程中的分子和细胞机制（3）人类生殖、发育障碍相关基因的模式生物研究（4)男性生殖健康的临床与基础研究 (5)调控生殖细胞发育的信号传导和表观遗传修饰的研究3.免疫学:免疫学是生命A科学的前沿领域，免疫调节是近代免疫学研究的热点，本学科立足于免疫学基础研究，以自身免疫病、肿瘤、移植等为重点，聚焦免疫调节，寻找其关键的调控靶点，阐明免疫调节与疾病发生和发展的相互关系，发展新型免疫干预手段，为临床应用奠定基础。该研究部分有以下几个主要方向：（1）免疫调节（2）抗感染免疫4.病理学和病理生理学：病理学与病理生理学是重要的医学基础学科，并与临床学科密切相关。该学科的主要任务在于阐明疾病发生发展过程中的形态、功能和代谢的改变及其细胞分子机制，为疾病的诊断和治疗提供重要理论基础。从系统、细胞直至分子水平对疾病的研究与认识，是疾病早期诊断与有效治疗的前提。该研究部分有以下几个主要方向：(1)疾病蛋白质组学(2)肿瘤相关microRNA研究(3)重大疾病的分子标志物研究及靶向治疗(4)离子通道与疾病
六、学科优势特色
本学科注重科学研究的原创性、高水平，突出基础医学研究与本国、本地区重要疾病的发病机制探索、诊断与治疗手段和新药开发的密切关联，强调科研促进教学和人才培养，目前免疫学科已被列入上海市重点学科建设的《特色学科》。本学科总体水平体现在：若干特色研究方向取得一些高水平的成果，师资队伍和毕业的博士研究生均达到研究性大学作为国家知识创新中坚力量的水平，向后期教育输送的医学生质量达到基础扎实、具有创造性和能力的要求，为社会培养面向世界、面向未来的新一代高素质的医教研工作者
