理论物理研究所
主要研究方向为：凝聚物质的电子输运和自旋电子学、介观量子输运、软物质理论和生命物质的研究、变换介质理论和变换介质中的波、计算物理及团簇物理、非线性物理、量子计算和量子光学、玻色-爱因斯坦凝聚、高温超导机理、量子场论以及复杂网络等。
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光科学与工程研究中心
主要研究方向为：先进光子学材料和物理、新型光电材料、导波光电子和集成光学、光纤激光物理与技术、光学信息存储、新型光检测方法与仪器技术等。
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凝聚态物理研究所
主要研究方向为：凝聚态理论、计算凝聚态物理、凝聚态光谱与光电子物理、功能晶体生长与纳米尺度样品制备、超导带材制备等。
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激光等离子体教育部重点实验室
主要研究方向为：激光等离子体理论和数值模拟、激光等离子体物理实验、高功率激光技术，微纳制造与精密制靶等。
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粒子物理宇宙学研究所
主要研究方向为：暗物质的探测和研究、原子核结构理论、随机作用的多体系统、中高能重离子碰撞动力学、核天体物理、星系和星系团的X射线观测，宇宙再电离过程及相关物理问题，活动星系和伽马爆辐射机制的理论研究等。
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国家工科物理教学基地
1996年，物理系成为教育部“面向21世纪工科物理教学内容与课程体系改革研究与实践”项目牵头单位，并获准成为“国家工科物理教学基地”建设单位。2004年通过国家工科物理教学基地的验收与评估，综合成绩优秀。
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