1986年7月，在原马列主义教研室和德育教研室的基础上成立社会科学系。除了承担全校公共政治理论课以外，还设立了卫生管理专业；
　　
　　1988年6月，为了加强马克思主义理论教育和便于学校管理，原来的卫生管理专业发展成一个独立的系，从社会科学系分化出去，社会科学系也由此改名为社会科学部；
　　
　　1998年6月，原属基础医学院的语文教研室划归社会科学部，成立人文社会科学部。
　　
　　按照我校的人才培养目标，全面推进素质教育，着力培养一大批适应21世纪社会发展需要的医德高尚、基础扎实、知识面宽，具有一定创新意识和临床医术技能较为全面的高级专门人才，我们把高质量地全面推进两课改革与邓小平理论三进工作作为全部工作的重中之重，同时结合医学院校的特点和医学模式的转变，加强学生人文社会科学知识和科学精神的教育，提高学生综合素质，其中，着力加强学生的政治素质、思想道德素质和心理素质，努力为落实学校人才培养目标服务。
　　
　　人文社科部主要承担全校学生（包括高职、大专、本科、硕士、博士和夜大学）的两课（即：马克思主义理论课、思想品德课）的必修课和文化艺术教育、人文社会科学的指定和任意选修课的20多门课的教学。另外，承担了学校、各附属医院、各级党校、党章和团章学习小组和学生社团等各项学习辅导任务以及校园精神文明建设工作。
　　
　　我校人文社科部是上海市两课教学重点建设单位之一。
　　
　　人文社科部机构设置
　　
　　人文社科部下设四个大教研室与教学行政办公室：
　　
　　第一教研室（思想道德修养、法律基础、医学伦理学）；
　　
　　第二教研室（邓小平理论概论、马克思主义政治经济学原理、毛泽东思想概论）；
　　
　　第三教研室（马克思主义哲学原理、硕士生：科学社会主义、自然辩证法；博士生：马克思主义与当代科技革命）；
　　
　　第四教研室（大学语文、艺术）；
　　
　　教学行政办公室（为教学、科研与行政管理服务）。