上海第二医科大学基础医学院成立于1989年5月，前身为基础医学部。经过多年的建设，本院已成为全校医学基础学科的教学、科研、师资培养及社会服务的基地。
　　
　　教学各种学制（三、五、七年），各种专业（临床医学、口腔医学、临床医学专业英文班、临床医学专业法语班、生物医学工程、医学检验、高级护理、卫生事业管理、妇产科学专业、医学影象专业）和各种形式（本科、专科、研究生、留学生、夜大学、高师班）的基础医学教学工作。
　　
　　机构设有解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、免疫学等21个教研室，同时建有上海市免疫学研究所、上海生物医学工程研究所、卫生部法语培训中心、上海市生殖医学研究与培训中心、上海第二医科大学基因治疗中心、上海第二医科大学药物研究所。
　　
　　学科建设现有市级重点学科6个，校级重点学科2个，211重点建设学科3个；博士学位授予权学科8个，博士生导师15名，硕士学位授予权学科6个，硕士生导师21名。1982年2月，国家人事部全国博士后管理委员会批准学校建立基础医学博士后流动站，设组织胚胎学、分子生物学、微生物学、免疫学、药理学、生物医学工程及核医学7个二级学科点。2001年1月国务院学位办批准了基础医学博士学位一级学科点。
　　
　　实验室建设有细胞生物学、分子生物学、免疫学3个上海市教委重点开放实验室生殖生物学上海市科委重点实验室。
　　
　　主要资产拥有5万元以上固定资产的仪器设备155台（件），包括流式细胞仪、细胞图象分析仪、色质联用氨基酸分析仪及氨基酸合成仪等。
　　
　　教师队伍现有教职员工422名，其中正、副教授113名。教师队伍中具有研究生学历的教师占50%以上。
　　
　　科学研究1989年以来，本院共承担纵向课题350多项，其中国家自然科学基金重大（重点）项目5项、863生物高科技项目6项。获各类科技成果奖56项，其中国家科技进步奖3项，上海市科技进步奖10项。
　　
　　国际交往近年来，学院广泛开展国际间的科技协作和学术交流，先后派专家教授去美国、加拿大、德国、日本、法国、英国等国讲学、考察和参加国际学术会议，派出青年教师出国留学深造，对外学术交流正日趋活跃。