刘喜朋 副教授

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地址：生物药学楼3号楼207





学术经历
1、受教育经历
2001/03-2005/06，上海交通大学，生命科学与技术学院，博士学位，导师 刘建华教授。
1998/09-2001/02，天津大学，化工学院生物化工系，硕士学位，导师 元英进教授。
1994/09-1998/07，天津大学，化工学院生物化工系，学士学位，导师 元英进教授。
2、工作经历
2010/06 –今 上海交通大学，生命科学技术学院，微生物代谢国家重点实验室，副教授。
2008/12 – 2010/05，法国国家科学研究中心分子遗传研究所（CNRS， Centre de Genetique Moleculaire），博士后。
2008/01 – 2008/11，上海交通大学，生命科学技术学院，副教授。
2005/07 – 2007/12，上海交通大学，生命科学技术学院，讲师。


1、受教育经历
2001/03-2005/06，上海交通大学，生命科学与技术学院，博士学位，导师 刘建华教授。
1998/09-2001/02，天津大学，化工学院生物化工系，硕士学位，导师 元英进教授。
1994/09-1998/07，天津大学，化工学院生物化工系，学士学位，导师 元英进教授。
2、工作经历
2010/06 –今 上海交通大学，生命科学技术学院，微生物代谢国家重点实验室，副教授。
2008/12 – 2010/05，法国国家科学研究中心分子遗传研究所（CNRS， Centre de Genetique Moleculaire），博士后。
2008/01 – 2008/11，上海交通大学，生命科学技术学院，副教授。
2005/07 – 2007/12，上海交通大学，生命科学技术学院，讲师。





研究方向

1. 极端微生物DNA复制与损伤修复



2.核酸代谢与癌症、分子诊断应用



3.极端微生物基因资源挖掘利用






1）DNA replisome（复制体）的组装、动态变化、调控及其在核酸扩增中的应用。
2）同源重组修复、非同源末端连接修复、核苷酸切除修复、碱基切除修复的分子机制及其在基因组编辑技术中的应用。
3）CRISPR分子机制及其蛋白在基因编辑、分子诊断中的应用。


1）DNA复制与损伤修复缺陷与癌症易感性之间的关联机制。
2）核酸检测、SNP基因分型、分子诊断与基因编辑技术开发，及其在精准用药、癌症早期诊断、遗传病与传染病检测、法医刑侦、食品致病微生物、宠物疾病检测中的应用。


1）极端微生物重要功能基因的挖掘利用，尤其有重要经济价值的极端酶。
2）高通量基因克隆、蛋白表达纯化高通量筛选、重组蛋白表达工艺优化。






研究方向


1. 极端微生物DNA复制与损伤修复 1）DNA replisome（复制体）的组装、动态变化、调控及其在核酸扩增中的应用。
2）同源重组修复、非同源末端连接修复、核苷酸切除修复、碱基切除修复的分子机制及其在基因组编辑技术中的应用。
3）CRISPR分子机制及其蛋白在基因编辑、分子诊断中的应用。




2.核酸代谢与癌症、分子诊断应用 1）DNA复制与损伤修复缺陷与癌症易感性之间的关联机制。
2）核酸检测、SNP基因分型、分子诊断与基因编辑技术开发，及其在精准用药、癌症早期诊断、遗传病与传染病检测、法医刑侦、食品致病微生物、宠物疾病检测中的应用。





3.极端微生物基因资源挖掘利用 1）极端微生物重要功能基因的挖掘利用，尤其有重要经济价值的极端酶。
2）高通量基因克隆、蛋白表达纯化高通量筛选、重组蛋白表达工艺优化。











代表论著
? Feng L#, Chang CC#, Song D, Jiang C, Song Y, Wang CF, Deng W, Zou YJ, Chen HF, Xiao X, Wang FP, Liu XP*. (2018) The trimeric Hef-associated nucleaseHANis a 3'→5' exonuclease and is probably involved in DNA repair, Nucleic Acids Res. 46(17): 9027–9043.

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? Li MJ, Yi GS, Yu F, Zhou H, Chen JN, Xu CY, Wang FP, Xiao X, He JH*, Liu XP*. (2017) The crystal structure of Pyrococcus furiosus RecJ implicates it as an ancestor of eukaryotic Cdc45, Nucleic Acids Res. 45(21): 12551-12564.

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? Yuan H#, Liu XP #,*, Han Z, Allers T, Hou JL, Liu JH*. (2013) RecJ-like protein from Pyrococcus furiosus has 3’-5’ exonuclease activity on RNA: implication of its proofreading capacity on 3’-mismatched RNA primer in DNA replication, Nucleic Acids Res. 41(11): 5817-5826.

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? Deng YJ, Feng L, Zhou H, Xiao X, Wang FP, Liu XP*. (2018) NanoRNase from Aeropyrum pernix shows nuclease activity on ssDNA and ssRNA, DNA Repair 65(1): 54–63.

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? Xie JJ#, Liu XP#,*, Han Z, Yuan H, Wang Y, Hou JL, Liu JH*. (2013) Chlamydophila pneumoniae endonuclease IV prefers to remove mismatched 3' ribonucleotides: Implication in proofreading mismatched 3'-terminal nucleotides in short-patch repair synthesis, DNA Repair 12(2): 140-147.

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获奖情况
1）上海交通大学晨星青年****奖励计划二等奖。
2）全国大学生生命科学创新创业大赛指导教师一等奖。




教学情况

生物化学（F），48学时，本科生，主讲教师。
高级生化实验，32学时，本科生，共同主讲教师。




1）国家自然科学基金联合基金项目，U**，决定古菌DHH家族磷酸酯水解酶底物特异性的结构研究，2019年1月-2021年12月，54万，在研，主持。
2）国家重点研发计划“深海关键技术与装备”重点专项，2018YFC**，深海热液区生物资源研究与应用评价，2018年7月-2021年12月，65万，在研，子课题负责人。
3）国家重点研发计划“深海关键技术与装备”重点专项，2018YFC**，海斗深渊环境特征与生命演化工程，2018年7月-2021年12月，75万，在研，子课题负责人。
4）国家自然科学基金面上项目，**，古菌RecJ-like核酸酶参与校正RNA引物3'末端错配核糖核苷酸的分子机制研究，2014年1月-2017年12月，80万，已结题，主持。
5）上海市自然科学基金，12ZR**，古菌A. pernix dU损伤碱基切除修复的生化研究，2012年7月-2015年6月，10万，已结题，主持。
6）国家自然科学基金青年基金项目，**，基于耐高温mutS蛋白、pfu DNA聚合酶、dU修饰寡核苷酸探针的SNP检测技术，2008年1月-2010年12月，17万，已结题，主持。

承担项目


学生培养
在读硕士生3名，博士生1名




毕业生硕士生8名，博士生2名，本科生15名





在读学生
毕业学生



在读学生
毕业学生

在读硕士生3名，博士生1名




毕业生硕士生8名，博士生2名，本科生15名