欧竑宇 教授

电话：+86-
邮箱：hyou@sjtu.edu.cn
地址：上海市华山路1954号上海交通大学哲生馆
实验室网址：http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/





学术经历
现任上海交通大学生命科学技术学院/微生物代谢国家重点实验室微生物学教授，微生物信息学研究组PI， 博士生导师
1997年7月于南京农业大学获食品工程学士学位；
2001年1月于天津科技大学获发酵工程硕士学位，师从贾士儒教授；
2004年4月于天津大学获生物信息学博士学位，师从张春霆院士；
2004年6月-2006年5月在英国莱斯特大学医学院接受病原菌基因组学博士后训练，合作导师 Dr. Kumar RAJAKUMAR；
2015年10月-2016年9月，康奈尔大学访问教授（唐氏中国****）；
2006年6月到上海交通大学生命科学技术学院工作，任副教授，2011年12月起担任教授（微生物学）；
2020年8月起获聘上海交通大学长聘教授（微生物学）。


现任上海交通大学生命科学技术学院/微生物代谢国家重点实验室微生物学教授，微生物信息学研究组PI， 博士生导师
1997年7月于南京农业大学获食品工程学士学位；
2001年1月于天津科技大学获发酵工程硕士学位，师从贾士儒教授；
2004年4月于天津大学获生物信息学博士学位，师从张春霆院士；
2004年6月-2006年5月在英国莱斯特大学医学院接受病原菌基因组学博士后训练，合作导师 Dr. Kumar RAJAKUMAR；
2015年10月-2016年9月，康奈尔大学访问教授（唐氏中国****）；
2006年6月到上海交通大学生命科学技术学院工作，任副教授，2011年12月起担任教授（微生物学）；
2020年8月起获聘上海交通大学长聘教授（微生物学）。





研究方向
干实验：细菌耐药移动元件的序列分析


湿实验：肺炎克雷伯菌耐药移动元件的转移机制






提出了细菌接合元件模块化的数据分析方法，将接合元件剖解为“四个模块” (整合切除、接合转移、遗传稳定和附属性状)；开发了一系列专业数据库和软件工具，应用于细菌耐药基因水平转移机制的研究。


以肺炎克雷伯菌为模型研究耐药元件的转移机制，发现了乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统KacAT的转录调控机制，阐明了IncFIIK质粒的转座子Tn1721推动碳青霉烯耐药基因bla_KPC-2在中国的传播，揭示了耐药接合质粒促进肺炎克雷伯菌高毒力高耐药株形成的途径。






研究方向

干实验：细菌耐药移动元件的序列分析 提出了细菌接合元件模块化的数据分析方法，将接合元件剖解为“四个模块” (整合切除、接合转移、遗传稳定和附属性状)；开发了一系列专业数据库和软件工具，应用于细菌耐药基因水平转移机制的研究。




湿实验：肺炎克雷伯菌耐药移动元件的转移机制 以肺炎克雷伯菌为模型研究耐药元件的转移机制，发现了乙酰基转移酶类毒素-抗毒素系统KacAT的转录调控机制，阐明了IncFIIK质粒的转座子Tn1721推动碳青霉烯耐药基因bla_KPC-2在中国的传播，揭示了耐药接合质粒促进肺炎克雷伯菌高毒力高耐药株形成的途径。











代表论著
? H. Qian#, H. Yu#, P. Li, E Zhu, Q. Yao, C. Tai, Z. Deng, K. Gerdes, X. He*, J. Gan*,H.Y. Ou* (2019) Toxin-antitoxin operonkacATofKlebsiella pneumoniaeis regulated by conditional cooperativity via a W-shaped KacA-KacT complex.Nucleic Acids Research, 47(14):7690-7702

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? M. Liu, X. Li, Y. Xie, D. Bi, J. Sun, J. Li, C. Tai, Z. Deng,H.Y. Ou* (2019) ICEberg 2.0: an updated database of bacterial integrative and conjugative elements.Nucleic Acids Research, 47(D1):D660-D665

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? X. Li, Y. Xie, M. Liu, C. Tai, J. Sun, Z. Deng,H.Y. Ou* (2018) oriTfinder: a web-based tool for the identification of origin of transfers in DNA sequences of bacterial mobile genetic elements.Nucleic Acids Research, 46(W1):W229–W234.

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? H. Qian, Q. Yao, C. Tai, Z. Deng, J. Gan*,H.Y. Ou*(2018) Identification and characterization of acetyltransferase-type toxin-antitoxin loci inKlebsiella pneumoniae.Molecular Microbiology, 108(4), 336–349. (Cover Story, and Comment in:Molecular Microbiology, 108(4), 331–335）

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? Y. Xie#, L. Tian#, G. Li#, H. Qu, J. Sun, W. Liang, X. Li, X. Wang, Z. Deng, J. Liu*,H.Y. Ou* (2018) Emergence of the third-generation cephalosporin-resistant hypervirulentKlebsiella pneumoniaedue to the acquisition of a self-transferableblaDHA-1-carrying plasmid by an ST23 strain.Virulence, 9(1):838-844

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? X. Wang#, Y. Xie#, G. Li, J. Liu, X. Li, L. Tian, J. Sun,H.Y. Ou*, H. Qu* (2018) Whole-Genome-Sequencing characterization of bloodstream infection-causing hypervirulentKlebsiella pneumoniaeof capsular serotype K2 and ST374.Virulence, 9:1, 510-521.

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? Y. Xie#, Y. Wei#, Y. Shen#, X. Li, H. Zhou, C. Tai, Z. Deng,H.Y. Ou* (2018) TADB 2.0: an updated database of bacterial type II toxin-antitoxin loci.Nucleic Acids Research, 46:D749-D753.

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? J. Li, C. Tai, Z. Deng, W. Zhong, Y. He,H.Y. Ou* (2018) VRprofile: gene-cluster-detection-based profiling of virulence and antibiotic resistance traits encoded within genome sequences of pathogenic bacteria.Briefings in Bioinformatics, 19(4):566-574.

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? D. Bi, X. Jiang, Z.K. Sheng, D. Ngmenterebo, C. Tai, M. Wang, Z. Deng, K. Rajakumar andH.Y. Ou* (2015) Mapping the resistance-associated mobilome of a carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strain reveals insights into factors shaping these regions and facilitates generation of a 'resistance-disarmed' model organism.Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 70:2770-2774.

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? D. Bi, L. Liu, C. Tai, Z. Deng, K. Rajakumar* and H.Y. Ou* (2013) SecReT4: a web-based bacterial type IV secretion system resource. Nucleic Acids Research, 41, D660-D665.

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获奖情况
入选教育部新世纪优秀人才资助计划、上海市青年科技启明星计划、上海市明治乳业生命科学奖、上海交通大学晨星青年****奖励计划SMC优秀青年教师 (A类)、全国优秀博士学位论文提名论文。