复旦大学上海医学院儿科学系创建于1952年，前身是上海第一医学院儿科学系、上海医科大学医学系儿科学教研室。儿科学系为国家重点学科和“211工程”重点学科。儿科学系主要由复旦大学附属儿科医院儿科学各专业组成，同时还包括其他附属医院的儿科专业。儿科学系的主要职责是承担复旦大学医药卫生各专业的儿科学教学工作，同时还承担复旦大学附属儿科医院的教学相关事务，儿科学系办公室设在复旦大学附属儿科医院，现任系主任是桂永浩教授，副主任为陈超教授。

师资队伍
　　儿科学系师资力量雄厚，现有在职教师127人，其中高级职称（包括教授、研究员、主任医师）30人；副教授、副研究员、副主任医师43人；其中博士生导师15人，硕士生导师29人，45岁以下教师中博士学位比例为20%。
　　儿科学系拥有一批全国著名的老一辈儿科学专家，刘湘云、金汉珍、段恕诚、马伴吟、郭怡清、金百祥、宁寿葆、王岱明、樊绍曾、郭履赒、吴月、朱启镕、孙道开、张灵恩等。同时还有一批著名的中青年儿科学专家，王卫平、桂永浩、孙 波、郑 珊等，这些专家在全国相关学术团体和学术期刊担任重要领导工作。还有“****”特聘教授1人，上海市“曙光学者”3人，上海市“百人计划”3人。
学科特色
　　儿科学系整体实力强，下属三级学科齐全，其中新生儿、心血管、小儿外科、呼吸急救、感染、青春期医学等是特色专业，在全国及上海市享有很高的学术地位和影响力。
教学成果
　　儿科学系曾获上海市先进教学集体、上海市教学优秀奖。许多教师获得教学奖励，郭怡清教授获上海市优秀教育工作者，樊绍曾教授获卫生部优秀教师奖，桂永浩教授获中山临床学院教学比赛第二名，周水珍教授获中山临床学院教学比赛第一名。先后有5人获上海市高校优秀青年教师（王晓红、陈超、周蓓华、郑珊和贾兵）。
　　“儿科学多媒体教学的实践及成效”，获复旦大学优秀教学成果奖。


科研成果
　　儿科学系承担了许多科研项目，其中重点项目有：国家“七. 五”、“八. 五”、“九. 五”、“十. 五”攻关项目，国家自然科学基金重点项目，教育部和卫生部重点课题，上海市医学领先重点项目等。近年还获得很多科研成果奖，如卫生部科技进步奖，上海市科技进步奖。

承担专业与课程
1. 本科生教育：本科教育是儿科系的首要任务，全体教职工非常热心教学工作，在学校历次教学质量检查和教学评估中，我院的儿科学教学都取得很大成绩，一直受到好评。主要课程有儿科学：为临床医学专业（五年制、七年制）、基础医学、公共卫生专业、专升本等开设；小儿外科学：为临床医学专业（选修课）开设。
2. 研究生教育：儿科学系于1956年开始招收儿科学研究生，1978年恢复招收硕士研究生，1984年被批准为博士点学科，首批博士生导师有刘湘云、金汉珍、金百祥教授，以后陆续批准为博士生导师的有马伴吟、宁寿葆、樊绍曾、金勤立、朱启鎔、邵肖梅、刘豫阳、时毓民、蔡德培、肖现民、孙波、郑珊、高解春、杨毅、桂永浩、陈超、黄国英、徐虹、贾兵等教授。1997年招收博士后研究人员，现每年招收硕士博士研究生30多名，现有在读研究生120多人。为儿科学研究生开设儿科学高级教程。