历史简介
原上海医科大学早在1958年就开始针灸原理研究，1964年起率先开展针刺麻醉机理研究，1975年起成立独立建制的针刺原理研究室。1985年正式命名为针刺原理研究所，设有神经生理、神经药理、神经形态、神经生化、临床生理、计算机技术等实验室，后来又增加神经免疫及分子生物学等实验室。该研究所是开展中西医结合基础（针刺原理研究）的专职单位，是我国第一批中西医结合基础学科硕士点和博士点（1981年起设立），1989年被评为国家重点学科。1994年起经人事部批准又设立中西医结合博士后流动站。该研究所还是世界卫生组织（WHO）与卫生部共同任命的WHO传统医学合作中心（1983年起设立），成为我国传统医学走向世界的一个有影响的窗口。1986年中国针灸学会针刺麻醉分会成立，上医大针刺原理研究所一直为该会的挂靠单位。
随着世界上神经科学这一新学科的兴起，上海医科大学早在1982年起在国内率先开设神经生物学课程，出版神经生物学讲义，为研究生和高年级本科生开课。1985年起在针刺原理研究所的基础上成立神经生物教研室，先后出版神经生物学教材（1990、1999），开设研究生课程（包括实验课）、本科生必修课和选修课。
实践证明，针刺原理研究的科研工作，不仅促进了中西医结合基础学科建设的蓬勃发展，也促进了我国神经生物学的科研和教学的发展。1992年上海医科大学在此基础上联合全校从事神经科学研究的力量，经国家计委、卫生部等批准，建立医学神经生物学国家重点实验室。该重点实验室以针刺原理研究作为主要研究方向之一，为针刺原理研究提供坚实的研究基地保证。针刺原理研究所、神经生物教研室则为该重点实验室提供坚强的研究力量。两者密切联系，共同为发展有鲜明中国特色的神经科学研究事业做出贡献。
2000年进入新世纪以后，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学，随后建立上海医学院。医学院成立后于2002年3月设立中西医结合系。中西医结合基础学科（针刺原理研究所）于2002年再次被评为国家重点学科。
教学工作
中西医结合基础学科是我国第一批硕士点和博士点（1981年起设立），1989年起一直是国家重点学科，至今已培养出一大批硕士生和博士生。
1. 中西医结合基础学科研究生导师：
吴根诚 教 授 男 博士生导师 研究方向为针刺镇痛的神经生物学机制
陈伯英 教 授 男 博士生导师 研究方向为针刺效应的神经内分泌机制
曹小定 教 授 女 博士生导师 研究方向为针刺效应的神经免疫机制
程介士 教 授 男 博士生导师 研究方向为针刺抗脑缺血和癲痫的基础研究
黄显奋 教 授 男 硕士生导师 研究方向为针刺抗脑缺血和癲痫的基础研究
李为民 副教授 男 硕士生导师 研究方向为针刺对自主神经活动的调制研究
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2. 课程教学：
自1982年到2002年，本学科在国内率先开设研究生及本科生的神经生物学教学课程（包括实验课）。
2002年中西医结合系成立以后，根据学院的统一安排，神经生物学教学已转给新设立的神经生物学系。
自2003年秋季起，中西医结合基础学科将开设中西医结合基础概论（面向高年级本科生及硕士生）、中西医结合的思路与方法讲座（面向博士生）等课程。
中西医结合基础概论课程（基础医学基地班必修课,供高年级本科生及硕士生必修或选修）：
教学目的：扼要介绍中医基础理论，介绍我国独创的中西医结合医学的发展历程，着重讲述中西医结合的基础研究进展，为深入开展中西医结合医学研究打下良好的基础。
主要内容有：中医基础理论简介、中西医结合研究发展简史、中西医结合研究的思路与方法、我国针刺研究的世界性影响、中西医结合镇痛的基础研究、中西医结合神经保护功能的基础研究、中西医结合内分泌功能调节的基础研究、中西医结合免疫功能调节的基础研究、中西医结合微循环功能调节的基础研究、中药药理的基础研究概述、经络理论的基础研究概述、中西医结合研究促进临床疗效的提高等。
基本要求：通过学习，了解我国独创的中西医结合医学的发展历程及所取得的成绩，介绍世界上对补充和替代医学(complementary and alternative medicine)日益重视的新动态，激励学生投身中西医结合事业的热情，为深入开展中西医结合医学研究打下良好的基础。
学时数：54学时 学分：3学分
中西医结合的思路与方法课程（供博士生必修或选修）：
教学目的：联系中西医结合领域国内外丰富的临床及基础研究实践，讲授中西医结合的科学思路及方法，为深入开展课题设计及研究提供借鉴。
教学内容：以讲座形式邀请中西医结合领域著名学者及中青年专家，结合各自领域的进展，讲授开展科学研究、包括中西医结合研究的经验和体会。
基本要求：通过学习，开拓思路，增长知识，争取融会贯通，提高研究能力。
学时数：30学时 学分：1.5学分

科研工作
研究方向
研究方向为针刺效应的神经生物学机制:
针刺镇痛的神经生物学机制;
针刺抗缺血性中风的机理研究;
针刺抗癫痫的机理研究;
针刺调节生殖内分泌系统的作用机制;
针刺改善免疫抑制效应的机制研究;
针刺对自主神经活动的调制研究;
针药结合提高针刺调整效应的研究。
科研任务
1996年以来先后承担科研任务 38 项
国家攀登计划 1 项
国家九五攻关课题 1 项
国家自然科学基金重点项目 3 项
国家自然科学基金面上项目 12 项
卫生部基金 5 项
国家教委基金 5 项
国家中医药管理局 3 项
上海市科委基金 3 项
上海市卫生局基金 2 项
其它基金 3 项
科研成果
1996年以来科研获奖：
国家科技进步奖（三等1次）
国家八五攻关重大成果奖（1次）
国家教委科技进步奖（一等2次，二等2次）
卫生部科技进步奖（现中华医学科技进步奖）（三等4次）
国家中医药管理局科技进步奖（二等2次，三等1次）
上海市科技进步奖（二等3次，三等2次）等
1996年以来已发表论文：
共发表论文193篇
其中国际SCI论文 72篇, 占总数的 37.3%
国内核心论文 88篇, 占总数的 45.6%
其他论文 33篇, 占总数的 17.0%
学科特色
以研究生教学和科研为主，兼顾本科生教学。
坚持中西医结合的道路，应用现代科技手段深入研究中医、针灸作用的机理。
坚持基础与临床结合的方向，课题研究紧密围绕临床所提出的问题，研究结论也能得到临床验证。
坚持科研与教学相结合，将针刺研究等科研成果融入讲课内容，让西医院校的本科生和研究生也了解我国针刺研究的成果进展。
坚持科研促进学科建设、学科建设促进基地建设的方针，先后设立中西医结合基础博士点及中西医结合博士后流动站，亦为在我校建立和发展医学神经生物学国家重点实验室作出了重大贡献。
科研条件
1986年到1992年先后获得WHO的仪器设备资助四批，共计26万美元。
1992年上海医科大学在神经生物教研室的基础上联合全校从事神经科学研究的力量，经国家计委、卫生部等批准，建立医学神经生物学国家重点实验室。中西医结合基础学科博士点与神经生物学博士点共同承担医学神经生物学国家重点实验室的科研任务，共同利用该国家实验室的科研设备。
我校中西医结合基础学科是211重点学科群单位之一，2002年又通过了国家中医药管理局三级科研实验室（针灸神经生物学）的专家评估。
工作人员
本学科现有教授5人、副教授1人，讲师5人，主管技师4人。现有博士研究生13人，硕士研究生5人。