其前身为计算机科学系。该系成立于1975年，是中国高校中最早成立计算机学科，从事计算机教学与科研的单位之一。通过几代师生30年的共同努力，建立了完整的计算机学科体系，逐渐形成了多个体现学科核心的研究方向，并于1986年获计算机软件与理论二级学科博士授予权；1995年被批准建立计算机科学与技术博士后流动站；1996年计算机软件与理论二级学科被批准为上海市重点学科；2000年获计算机科学与技术一级学科博士授予权。为促进学科进一步发展，复旦大学于2000年成立了信息科学与工程学院，计算机科学与技术学科划入信息科学与工程学院。
2001年，原计算机科学系平行地划分为计算机与信息技术系和计算机科学与工程系。两系同时继承了原计算机科学系的学科结构，均拥有计算机科学与技术一级学科，在二级学科下的研究方向上各有侧重。
计算机与信息技术系具有雄厚的教学和科研力量。目前在师资力量上拥有复旦大学首席教授2人、博士生导师9人、教授12人、副教授22人、博士后3人，形成了结构合理的研究梯队。在学科上拥有计算机科学与技术一级学科博士点（包括计算机软件与理论、计算机系统结构、计算机应用技术三个博士点），此外还承担计算机科学与技术专业、信息安全专业的本科教学工作。目前该系在读博士研究生63人，硕士研究生132人。
在计算机科学与技术一级学科架构下，计算机与信息技术系致力于与计算机科学密切相关的信息技术的研究。以计算机网络、数据库、体系结构、软件工程为主要特色，主要研究方向包括数据库与知识库、数据仓库与数据挖掘、知识工程与智能语言、数字图书馆技术、网络与分布式系统、协同信息、数字系统设计自动化、计算机系统结构与容错计算、嵌入式系统设计应用、计算机系统的监测与性能分析、软件构件技术、信息安全、编码理论与技术、量子信息与计算、远程教育技术、多媒体技术、电子商务技术、无线传感器网络、生物信息学等。该系承担了大量的国家重点攻关项目、国家973重点基础研究计划项目、国家863高科技项目、国家自然科学基金（重点）项目、国家杰出青年基金、国防预研项目、部委省市级科研项目等，其中40多项获得了国家和省部级科技进步奖，包括国家科技进步二等奖两项、上海市科技进步一等奖三项、公安部科技进步一等奖一项。该系张世永教授获得了国家"五一"劳动奖章和上海市科技精英称号。
计算机与信息技术系与国内外教学科研机构保持着活跃的合作关系。的合作单位包括美国加州大学圣巴巴拉分校、IBM研究中心、美国伊利诺斯大学、美国佛蒙特大学、新加坡国立大学、澳大利亚Griffith大学、加拿大Simon Fraser大学、美国德克萨斯大学等关系。
计算机与信息技术系现有的研究机构包括：上海（国际）数据库研究中心、网络与信息工程中心、计算机辅助技术实验室、协同信息与系统实验室、上海东方计算机网络测试实验室和上海东方计算机网络认证中心（与欧共体合作）、复旦宽带多媒体和安全技术研究中心、先进网络实验室，复旦大学创瑞丰企业信息化研究中心等，为该系提供了良好的实验环境和先进的实验设备。
计算机与信息技术系先后孵化了上海复旦网络股份有限公司、上海复旦光华信息科技股份有限公司、上海复旦复华数据库网络有限公司、上海复旦软件系统工程有限公司（中日合资）、上海复旦德门软件有限公司，还拥有复旦思科学院等培训基地，为学生提供良好的实践机会及有力的自主创业孵化支持。
计算机与信息技术系具有完备的学科体系、厚实的研究积累、合理的人才结构、以及活跃开放的学术研究氛围，在与国内外的高校和研究机构进行广泛的交流与合作的同时，与工业界也有着紧密的联系，承担了大量的应用开发项目，为我国信息化建设和上海的社会经济发展起到了积极的推动作用