复旦大学上海医学院外科学系是两校合并后主要由原上海医科大学华山临床医学院和中山临床医学院外科教研室及其他外科专业（骨科、心胸外科、泌尿外科、血管外科、神经外科及整形外科等）重新编制组建而成。它是集教学、医疗和科研为一体的综合性医教机构，是我国第一批批准的外科学博士点和博士后流动站。我系所含普外科、神经外科及手外科等专科均是国家重点学科。外科学系目前拥有华山医院、中山医院、金山医院、华东医院和第一人民医院等多个外科学教学基地，并涵盖了外科相关的各个专业，主要为：普通外科学、骨科学、泌尿外科学、心胸外科学、神经外科学、血管外科学和整形外科学等，此外尚包含部分重点发展的三级学科研究所和研究中心，如肝癌研究所、手外科研究所、器官移植研究所及研究中心、胰腺癌研究中心等。
　　 我系各主要教学基地均具有近百年的外科临床教学和科研工作的经验。许多国内外著名的医学教育家曾在我系各教学基地从事外科学的教学工作和/或教学的领导工作。例如著名的沈克非教授、黄家驷教授、任庭桂教授、崔之义教授和石美鑫教授等分别担任过我校外科主任和/或外科教研室主任，并曾编著出版过大量外科学专著和教材。国内外著名的沈克非外科学（又名实用外科学）和现代外科学是由我校外科专家为主编著，国际著名的外科教学用书克氏外科学亦是我系张延龄教授作为主要负责人之一进行翻译。这些外科学专著至今仍是外科学教学的重要参考书。

　　目前，我系拥有国内最强的教学和科研队伍，其中有中科院和工程院院士三名（汤钊猷院士、陈中伟院士和顾玉东院士），终身教授 名，博士生导师 名，硕士生导师 名。并有200余名教授和副教授工作在医学教育第一线，其中最有经验的师资力量被安排在我校七年制外科教学工作中。近年来我校外科系的各项医疗指标位居全国前列，并获得国家自然科学基金、省部级课题和国际合作课题、“八五“、“九五”、“863”、“973”等项目多项，近五年来每年公开发表的学术论文和译著达1000余篇，并曾获多项教学成果奖。