进入21世纪，软件产业已成为世界经济的重要组成部分，其对我国的全面发展将具有重大的意义。国务院先后制定鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策和振兴软件产业行动纲要（2002年至2005年），确定了以信息化带动工业化的战略，积极促进软件产业发展和结构调整。
产业发展对人才的数量、质量和组成结构都提出了新的要求，为此，教育部、国家发展计划委员会于2001年下发教育部、国家计委关于批准有关高等学校试办示范性软件学院的通知，计划在全国高校中择优创办软件学院，在实现软件人才培养跨越式发展的同时，进行教育体制改革的新尝试。
作为一所历史悠久、办学水平出众、人才培养成果卓著的高等学府，复旦大学牢牢把握了这一机会，整合多学科综合优势，积极开展软件学院筹建，并明确以此为契机促进国际化办学和教学改革。经过充分的论证和筹备，复旦大学建设软件学院的计划获得教育部批准，并于2002年9月3日举行成立仪式，正式开始它的历史使命。