近年来，甲醇生物转化越来越受到广泛关注，毕赤酵母由于能进行高密度发酵，被认为是优良的甲醇生物转化宿主细胞。构建毕赤酵母细胞工厂往往需要系统代谢工程优化与多基因编辑。然而，毕赤酵母代谢工程改造面临三个关键挑战：（1）低同源重组效率制约了精确代谢工程；（2）缺乏基因组整合中性位点限制了稳定菌株构建；（3）缺乏足够启动子限制了多基因表达调控。
本工作中，该团队针对上述三个挑战，首先强化了毕赤酵母同源重组效率，发现了限制毕赤酵母同源重组修复的关键基因RAD52，其高表达能将单基因编辑效率提升至90%；进一步地，通过对单位点多片段重组修复中多重入侵诱导重排（MIR）动态平衡过程的研究，发现敲除MPH1基因可以使多片段重组效率提升13.5倍。在此基础上，团队还鉴定出46个可用于外源基因整合的中性位点，并在真实摇瓶发酵条件下表征了18个常用启动子的表达谱。最后，团队利用不同中性位点和启动子的表达差异，发展了双因素调控策略，调控了脂肪醇合成效率，使其产量差异能达到30倍（12.6-380 mg/L）。
该研究建立的毕赤酵母高效基因编辑系统，理论上可以实现毕赤酵母稳定装载超过100个外源基因，并能实现基因表达的精准调控，为毕赤酵母的合成生物学研究提供便利，也为其它非常规酵母代谢工程改造提供借鉴。
该工作以“Recombination Machinery Engineering Facilitates Metabolic Engineering of the Industrial Yeast Pichia Pastoris”为题，于近日发表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上，该工作共同第一作者是我所18T6组2018级博士研究生蔡鹏和博士后段兴鹏。该工作得到国家自然科学基金、大连市创新基金、我所科研创新基金等项目的资助。（文/图 蔡鹏）
文章链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkab535
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