宋江宁
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【个人简介】
姓名
宋江宁
性别
男
职称
教授、博导
电话
0510-85918121
传真
0510-85918121
jiangningsong08@gmail.com;jiangning.song@jiangnan.edu.cn
【学术简介】
[学习经历]：
2005.07江南大学生物工程学院博士毕业
[研究经历]：
2005年至今，历任澳大利亚昆士兰大学高等计算建模中心博士后研究员，日本京都大学化学研究所生物信息学中心JSPS外国人研究员，中国科学院天津工业生物技术研究所“百人计划”研究员，澳大利亚国家健康与医疗研究理事会NHMRCPeterDoherty高级研究员。
[学术与社会兼职]：
2005.07-2007.09澳大利亚昆士兰大学高等计算建模中心博士后
2007.09-2009.09日本京都大学化学研究所生物信息学中心JSPS外国人研究员
【指导硕、博士生研究方向】
博士研究生：发酵工程、酶工程与技术、微生物学
硕士研究生：发酵工程、酶工程与技术、微生物学
【研究领域】
研究领域为：发酵工程、酶工程与技术、分子生物学、生物信息学、系统生物学和合成生物学
研究课题主要围绕着一些重要的环境、纺织、食品和医药工业中的工业酶的生化功能、催化机理、底物特异性和工业化应用进行系统深入的研究，如酶的高通量筛选和高效表达、基于结构生物信息学的酶的计算机理性设计、改造和定向进化、酶的应用开发、酶工业化生产的发酵工艺优化、重要工业酶的结构功能解析以及分子水平的催化机制研究等方面。课题组在前期的研究基础上，已经获得了多株具有高表达活性和表达量的重要工业酶（碱性蛋白酶、果胶酶、淀粉酶等）的大肠杆菌、毕赤酵母和枯草芽孢杆菌的生产菌株，并达到了工业化生产的水平。
另外，课题组目前还与国内外的多所知名大学和研究机构，其中包括日本京都大学、澳大利亚莫纳什大学、昆士兰大学、墨尔本大学以及中科院天津工业生物技术研究所的多个研究团队，在生物信息学、系统生物学、分子生物学、生物制药等多个交叉学科的研究领域保持着密切的学术合作。非常欢迎有志于科学研究、对交叉学科有浓厚兴趣的同学报考我们课题组的硕士、博士研究生。
【主要论著】（著作和论文）
在NucleicAcidsResearch,JournalofPathology,BriefingsinBioinformatics,Bioinformatics,BioresourTechnol,BBAProteins&Proteomics,PLoSONE,MolBioSyst,BMCBioinformatics,BMCSystBiol,Biotech&Bioeng,CurrentBioinformatics以及生物工程学报等国内外主流学术期刊上发表研究论文60余篇，其中SCI论文45篇，参编专著两部。获得国家授权专利2项，申请专利3项。SCI论文影响因子总和超过150，GoogleScholar引用510余次(截止到2013年8月)。
近年来代表性论文(*:通讯作者;IF:影响因子;Citation:GoogleScholar引用次数):
1.ChangC.C.,Song,J.,Tey,B.T.andRamananR.N.*(2013)BioinformaticsapproachesforimprovedrecombinantproteinproductioninEscherichiacoli:proteinsolubilityprediction.BriefingsinBioinformatics,inpress(IF=5.298)
2.Chen,Z.,Wang,Y.,Zhai,Y.F.,Song,J.*andZhang,Z.*(2013)ZincExplorer:anaccuratehybridmethodtoimprovethepredictionofzinc-bindingsitesfromproteinsequences.MolecularBioSystems,9:2213-2222(IF=3.534)
3.ChenZ,ZhouY,SongJ,ZhangZ.(2013)hCKSAAP_UbSite:improvedpredictionofhumanubiquitinationsitesbyexploitingaminoacidpatternandproperties.BiochimBiophysActaProteinsandProteomics,1834:1461-1467(IF=3.733).
4.Zhu,Y.,Song,J.,Xu,Z.,Sun,J.,Zhang,Y.,Li,Y.*andMa,Y.(2013)Developmentofthermodynamicoptimumsearching(TOS)toimprovethepredictionaccuracyoffluxbalanceanalysis.BiotechnologyandBioengineering,110(3):914-923(IF=3.946,Citation=2)
5.Song,J.*,Tan,H.,Perry,A.J.,Akutsu,T.,Webb,G.I.,Whisstock,J.C.*andPike,R.N.*(2012)PROSPER:anintegratedfeature-basedtoolforpredictingproteasesubstratecleavagesites.PLoSONE,7(11):e50300(IF=4.092,Citation=1)[HighlightTrackPaperbytheInternationalProteolysisSociety]
6.Song,J.*,Tan,H.,Wang,M.J.,Webb,G.I.*andAkutsu,T.*(2012)TANGLE:two-levelsupportvectorregressionapproachforproteinbackbonetorsionanglepredictionfromprimarysequences.PLoSONE,7:e30361(IF:4.092,Citation:4)
7.Zheng,C.,Wang,M.,Takemoto,K.,Akutsu,T.,Zhang,Z.*andSong,J.*(2012)Anintegrativecomputationalframeworkbasedonatwo-steprandomforestalgorithmimprovespredictionofzinc-bindingsitesinproteins.PLoSONE,7(11):e49716(IF=4.092,Citation=2)
8.Wang,H.,Li,J.,Liu,L.,Li,X.,Jia,D.,Du,G.*,Chen,J.*andSong,J.*(2012)IncreasedproductionofalkalinepolygalacturonatelyaseintherecombinantPichiapastorisbycontrollingcellconcentrationduringcontinuousculture.BioresourceTechnology,124:338-346(IF=4.980)
9.Qu,X.,Zhang,X.,Yao,J.,Song,J.,Nikolic-Paterson,D.J.andLi,J*(2012).ResolvinsE1andD1inhibitinterstitialfibrosisintheobstructedkidneyviainhibitionoflocalfibroblast.JournalofPathology,228(4):506-519(IF=7.274,Citation=9)
10.Wang,M.,Zhao,X.M.,Akutsu,T.andSong,J.*(2012)FunSAV:predictfunctionaleffectsofsingleaminoacidpolymorphismsusingatwo-stagerandomforestapproachwithfeatureselection.PLoSONE,7(8):e43847(IF=4.092,Citation=4)
11.Tian,T.*andSongJ.(2012)MathematicalmodellingoftheMAPkinasepathwaybasedonproteomicsdataset.PLoSONE,7(8):e42230(IF=4.092,Citation=2)
12.Xu,K.J.,Song,J.andZhao,X.M.*(2012)Thedrug-cocktailnetwork.BMCSystemsBiology,6(Suppl1):S5(IF=3.565,Citation=3)
13.Hu,F.Y.,Xu,K.J.,Song,J.andZhao,X.M.*(2012)Exploringdrugcombinationsinadrug-cocktailnetwork.BMCBioinformatics,13(Suppl.7):S7(IF=3.029,Citation=6)
14.Zhou,Y.,Zhou,Y.S.,He,F.,Song,J.*andZhang,Z.*(2012)Cansimplecodonpairusagepredictprotein-proteininteraction?MolecularBioSystems,8:1396-1404(IF=3.825,Citation=2)
15.Mahmood,K.,Webb,G.I.,Song,J.,Whisstock,J.C.*andKonagurthu,A.S.*(2012)Efficientlarge-scaleproteinsequencecomparisonandgenematchingtoidentifyorthologsandco-orthologs.NucleicAcidsResearch,40:e44(IF=8.026,Citation=2)[HighlightedandcitedbyNatureReviewGenetics]
16.Mahmood,K.,Konagurthu,A.S.,Song,J.,Buckle,A.M.,Webb,G.I.*andWhisstock,J.C.*(2010)EGM:Encapsulatedgene-by-genematchingtoidentifygeneorthologsandhomologoussegmentsinproteomes.Bioinformatics,26:2076-2084(IF=5.468,Citation=6)
17.Xia,J.F.,Zhao,X.M.,Song,J.andHuang,D.S.*(2010)APIS:accuratepredictionofhotspotsinproteininterfacesbycombiningprotrusionindexwithsolventaccessibility.BMCBioinformatics,11:174(IF=3.029,Citation=43)[Thispaperhasbeenratedas“Highlyaccessed”bytheBMCBioinformaticsjournal]
18.Song,J.*,Tan,H.,Shen,H.B.,Mahmood,K.,Boyd,S.E.,Webb,G.I.,Akutsu,T.*andWhisstock,J.C.*(2010)Cascleave:towardsmoreaccuratepredictionofcaspasesubstratecleavagesites.Bioinformatics,26:752-760(IF=5.468,Citation=34)
19.Song,J.*,Tan,H.,Takemoto,K.andAkutsu,T*.(2008)HSEpred:predicthalf-sphereexposurefromproteinsequences.Bioinformatics,24:1489-1497(IF=5.468,Citation=25)
20.Song,J.,Yuan,Z.,Tan,H.,Huber,T.andBurrage,K.*(2007).Predictingdisulfideconnectivityfromproteinsequenceusingmultiplesequencefeaturevectorsandsecondarystructure.Bioinformatics,23:3147-3154(IF=5.468,Citation=47)
21.Song,J.andBurrage,K.*(2006)Predictingresidue-wisecontactordersinproteinsbysupportvectorregression.BMCBioinformatics,7:245(IF=3.428,Citation=52)[Thispaperhasbeenratedas“Highlyaccessed”bytheBMCBioinformaticsjournal]
22.Song,J.*,Burrage,K.,Yuan,Z.andHuber,T.(2006)Predictionofcis/transisomerizationinproteinsusingPSI-BLASTprofilesandsecondarystructureinformation.BMCBioinformatics,7:124.(IF=3.428,Citation=51)[Thispaperhasbeenratedas“Highlyaccessed”bytheBMCBioinformaticsjournal]
【科研项目】
过去几年来，主持和参与近20项各类国外、国内人才资助和重大科技攻关项目等研究课题，包括澳大利亚国家健康与医疗研究理事会(NHMRC)基金项目、澳大利亚国家健康与医疗研究理事会(NHMRC)PeterDoherty生物医学Fellowship项目、澳大利亚研究理事会(ARC)基金项目、日本文部省学术振兴会(JSPS)外国人研究员计划长期和短期项目、国家863课题、中国科学院百人计划（择优）、中国科学院重要方向性项目、国家自然科学基金青年基金、国家自然科学基金外国青年基金、天津市****以及天津市重大科技支撑计划等。
【科研成果及奖励】
2011年,日本文部省学术振兴会(JSPS)外国人研究员Fellowship(短期)
2011年，天津市****
2010年,中国科学院百人计划(择优)
2008年,澳大利亚国家健康与医疗研究理事会(NHMRC)PeterDohertyBiomedicalFellowship
2007年,日本文部省学术振兴会(JSPS)外国人研究员Fellowship(长期)
2007年，全国优秀博士学位论文提名奖
2006年，江苏省优秀博士学位论文
2005年，江南大学优秀毕业生
1996-2005年，每年多次获得江南大学各项学术荣誉和优秀学生称号
【在读硕、博士人数】
5
【已毕业硕、博士人数】
5
【指导本科生人数】
2
