基于WEB的关键蛋白质预测平台
郑瑞清,李敏
( 中南大学信息科学与工程学院,长沙 410083 )
摘要:
关键蛋白质是指那些在蛋白质相互作用网络中承担重要作用、移除后会使蛋白质复合物功能丧失并导致生物无法存活的节点。随着蛋白质数据库的不断完善和高通量技术的发展,使得通过计算方法的关键蛋白预测得到广泛应用。针对目前软件多为桌面应用程序、用户难以迅速适应的情况,本文设计并实现了一个基于WEB的关键蛋白质预测平台Essential Protein Finder(EP Finder)。该平台集成了DC、BC、CC、EC、LAC、SC和NC7种关键蛋白质预测算法,还提供包含SN、SP、PPV、NPV、ACC、F和折刀曲线图在内的7种评估方法。平台对蛋白质网络图、算法运行及评估结果提供了可视化展示。该平台具有良好的扩展性。
关键词: 蛋白质网络 关键蛋白质 WEB平台
DOI：10.3969/j.issn.1672-5565.2014-02.20140202
分类号:Q753
基金项目:国家自然科学基金(No.61370024)；教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET-12-0547)资助。
A WEB-based platform for predicting essential proteins
ZHENG Ruiqing, LI Min
(School of Information Science and Engineering, Central South University, Changsha 410083,China)
Abstract:
Essential proteins are those proteins playing an important role in the protein-protein interaction network, and removal of these proteins will result in a loss of protein complexes′ function and death of organism. The improvement of protein databases and the development of the high-throughput technology have made the computational methods be widely used in prediction of essential proteins. Because the current software is mostly desktop applications, it is difficult to be adapted quickly. Therefore, this paper designs and implements an WEB based protein prediction platform, Essential Protein Finder (EP Finder). It not only integrates seven essential protein prediction algorithms like DC, BC, CC, EC, LAC, SCand NC, but also provides seven evaluation measures, including SN, ACC, PPV, SP, NPV, F and a chart of AUC. The Platform provides the visual display of protein-protein interaction network, results of algorithms and evaluations. This platform is very scalable as new algorithms and layout methods can be added conveniently.
Key words: Essential protein Protein-protein interaction network Web platform
删除或更新信息，请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)
基于WEB的关键蛋白质预测平台
本站小编 哈尔滨工业大学/2019-10-24
相关话题/网络 生物 数据库 技术 设计
领限时大额优惠券,享本站正版考研考试资料!
优惠券领取后72小时内有效，10万种最新考研考试考证类电子打印资料任你选。涵盖全国500余所院校考研专业课、200多种职业资格考试、1100多种经典教材，产品类型包含电子书、题库、全套资料以及视频，无论您是考研复习、考证刷题，还是考前冲刺等，不同类型的产品可满足您学习上的不同需求。 ...考试优惠券 本站小编 Free壹佰分学习网 2022-09-19基于声发射技术的单丝复合材料界面性能研究
基于声发射技术的单丝复合材料界面性能研究隋晓东1,吴凯文2,李烨2,李珂1,肇研2(1.沈阳飞机设计研究所结构部,沈阳110035;2.北京航空航天大学材料科学与工程学院,北京100191)摘要:为了克服传统单丝断裂实验局限于透明及高应变树脂的缺点,进一步拓展其应用范围,将声发射技术与传统单丝断裂实 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05基于BP神经网络遗传算法的高强钢成形研究
基于BP神经网络遗传算法的高强钢成形研究郭强1,郑燕萍1,朱伟庆1,晋保荣2(1.南京林业大学汽车与交通工程学院,南京,210037;2.南京南汽冲压件有限公司,南京,211100)摘要:对新材料DP-780高强钢依据国家标准GB/T228.1-2010进行室温拉伸试验,获得材料的力学性能参数；依据 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05薄板焊接变形中频感应矫正技术
薄板焊接变形中频感应矫正技术刘海华,白云龙,李亮玉,陈豪杰,王力斌(天津市现代机电装备技术重点实验室(天津工业大学),天津300387)[HJ1.8mm]摘要:目前针对船舶上层建筑中的薄板焊接变形矫正主要采用火焰矫正法,但此种方法效率低、操作安全性差,且难以实现自动化.为了更好地实现薄钢板焊接变形感 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05汽车轻量化技术的研究现状综述
汽车轻量化技术的研究现状综述李光霁,刘新玲(上海应用技术大学机械工程学院,上海201418)摘要:近年来汽车行业的科技水平发展程度逐渐提高,汽车行业进入高速发展阶段,然而随之而来的环境和能源问题也日趋加重。轻量化技术变成了各个汽车企业提升市场竞争力的关键,作者根据近些年来汽车轻量化技术现状进行综述, ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05油气田污水储罐腐蚀性能模拟设计及试验研究
油气田污水储罐腐蚀性能模拟设计及试验研究周勇1,周攀虎1,董会1,赵密锋2,孙良1,刘彦明1(1.西安石油大学材料科学与工程学院,西安710065,2.塔里木油田分公司,新疆库尔勒841000)摘要:为研究油气田污水对储罐腐蚀行为的影响,对储罐中污水进行腐蚀性能预测。模拟研究了温度、流速、压力以及p ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05窄带隙聚吡咯甲烷衍生物的制备与光学性能
窄带隙聚吡咯甲烷衍生物的制备与光学性能王攀,江玉婷,陈阳(滁州学院材料与化学工程学院,安徽滁州239000)摘要:由于高分子发光材料具有柔韧性好、合成简单、可大面积制备和使用寿命长等优点,成为近年来显示和照明领域的研究热点。本文以N-甲基吡咯和苯甲醛类为单体,采用缩聚法制备了3种可溶性、窄带隙、分子 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05真核生物环形RNA编码蛋白的研究进展
真核生物环形RNA编码蛋白的研究进展王琮,赵健,宋晓峰(南京航空航天大学自动化学院,南京210006)摘要:环形RNA是一类广泛存在于真核细胞的内源性RNA,其由前体RNA反向剪接形成,呈闭环结构,没有5’端帽子结构及3’端polyA尾巴。一直以来,环形RNA被认为没有编码能力,不能编码蛋白质,只是 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05合成生物学基因设计软件:iGEM设计综述
合成生物学基因设计软件:iGEM设计综述伍克煜1,刘峰江1,许浩1,张浩天1,王贝贝1,2(1.电子科技大学生命科学与技术学院,成都611731;2.电子科技大学信息生物学研究中心,成都611731)摘要:随着基因回路规模的扩大,和应用范围的拓展,传统的合成基因回路的设计思路面临着新的挑战。新合成基 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤的核心基因
生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤的核心基因柯帅,王文波,廖红展,彭志柱,邱县生,唐慧敏,李清华,夏学巍(桂林医学院附属医院神经外科,广西桂林541000)摘要:多形性胶质母细胞瘤(GBM)是成人最常见的恶性神经上皮肿瘤,关于其诊断和治疗的靶点研究一直是困扰研究者的难题。采用生物信息学的方法对GBM的基 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05医学遗传学2.0:导致人类慢病的主因可能首先是人体共生微生物基因异常,其次才是人类基因异常
医学遗传学2.0:导致人类慢病的主因可能首先是人体共生微生物基因异常,其次才是人类基因异常张成岗(军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,全军军事认知与心理卫生研究中心,北京100850)摘要:当前慢病高发的现实对“健康中国2030”战略目标的实现提出了巨大挑战。虽然众多医疗机构和政府管理部门付出巨 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
