所内科研主体由农业部淡水生物多样性保护、中国水产科学院淡水生态与健康养殖两个重点开放实验室组成，主要开展水产种质资源保存与遗传育种、濒危水生动物保护、渔业资源调查评估与水域生态环境监测保护、水产养殖基础生物学与养殖技术、鱼类营养与病害防治、水产品质量标准与检测等领域的应用基础和应用技术研究。此外，还有农业部属检测中心、渔业生态环境监测中心、野外科学观测试验站、渔业资源监测站、长江流域水生动物疫病重点实验室、新渔药临床试验基地、水产种质资源保存与良种选育中心、全国水产标准化技术委员会淡水养殖分技委等公益服务机构依托长江所。