中国水产科学研究院长江水产研究所是我国最早建设的水产科学重点研究机构之一，隶属于农业部，于1958年在南京成立，起初命名为中华人民共和国水产部长江水产研究所，1965年9月由南京迁至湖北省沙市市（现荆州市），1970年、1978年、1982年先后更名为湖北省长江水产研究所、国家水产总局长江水产研究所、中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所，1984年后定为现名。进入二十一世纪，着眼于科研的发展战略和布局，农业部2005年第22次常务会议同意长江所在武汉设立研究中心。2011年初，长江所武汉研究中心落成投入使用，当年3月长江所完成了科研主体由荆州向武汉的搬迁。科研主体搬迁武汉标志着长江所进入到一个新的发展起点。武汉作为长江所法人所在地，将以科技创新、人才培养和学术交流为主，承担各类科研工作和公益任务。长江所荆州部分作为渔业资源保护利用中试基地，为科研提供支撑并进行成果转化，同时承担离退休人员管理、物业管理与营运等工作。
　　长江所现有职工158人，其中专业技术人员126人，高级专业技术职务人员41人，博士（含博士后）30人。农业部科研杰出人才及团队1个，湖北省新世纪高层次人才工程人选3人，中国水产科学研究院首席科学家1人。享受国务院政府特殊津贴12人，湖北省政府专项津贴人员3人。与华中农业大学、上海海洋大学、西南大学等联合培养博硕士生，有博士生、硕士生导师19人，设博士后工作站。