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暨南大学生物化学讲义-第十一章 DNA的生物合成(复制)(3)

暨南大学 /2011-11-25

体。后来在细菌染色体外发现有能自我复制的DNA,例如质粒,以后利用质粒作为基因工程的常用载体。真核生物细胞器线粒体也发现有DNA,这些DNA称为线粒体DNA(mitochondria DNA,mtDNA)。人类的mt DNA已知有37个基因。线粒体的功能是进行生物氧化和氧化磷酸化(第七章)。已知有 13个 mt DNA上的基因是为 ATP合成有关的蛋白质和酶编码的。其余24个基因只转录为tRNA(22个)和rRNA(2个),并不翻译成蛋白质产物。

    mt DNA容易发生突变,损伤后的修复又较困难。 mt DNA的突变与衰老等自然现象

有关,也和一些疾病的发生有关。所以mt DNA的突变与修复,成为医学研究上引起广泛兴趣的问题。而且 mt RNA翻译时,使用的遗传密码又和通用的密码子有一定的差别。

    (三)DNA聚合酶的核酸外切酶活性和g制的保真性

    原核生物的3种DNA-pol都有核酸外切酶(exonuclease)活性。外切酶还有方向性,

即从5’-端或3’-端把核苷酸从核酸链上水解下来。

    1.核酸外切酶活性和校读  DNA pol I ,11都有两种方向性的外切酶活性,DNA-pol III

只有3’   5’外切酶活性。DNA-pol I的3’  5’切酶活性较强。图11-6表示DNA-polI在复制过程中能辨认错配的碱基并加以切除的功能。

    图中,模板链是G,新链错配成A而不是C。DNA-pol l的3’~ 5’切酶活性就把错配的A水解下来,同时利用5’  3’聚合酶活性补回正确配对的C,复制可以继续下去,这种功能称为即时校读(proofread)。实验也证明:配对如果正确,3’  5’外切活性是不表现的。  DNA -polI的 5’一3’外切酶活性,是切除引物、切除突变片段功能所需的。

    2.复制的保真性(fidelity)和碱基选择DNA聚合酶对模板的依赖性,是子链与母链能准确配对,使遗传信息延续和传代的保证。碱基配对的关键又在于氢键的形成。G-C以3个氢键,A-T以2个氢键维持配对,错配碱基之间难以形成氨键。据此推想复制中核苷酸之间生成磷酸二酯键,应在氢键的准确搭配之后发生。DNA聚合酶靠;大分子结构协调这种非共价(氢键)与共价(磷酸二酯键)键的有序形成。

    原核生物DNA聚合酶III是复制延长中主要起催化作用的酶。对DNA-pol III的深入研究,发现这种酶对核苷酸的参入(incorporation)有选择功能。例如母链上是T,DNA-polIII选择A,而不选T,C,G进入子链相应位置。这是用“错配”实验证实的。用同一种脱氧核苷酸的寡聚体作模板,例如21聚腺苷酸 poly(dA)21,用作模板,用 poy(dT)20作复制引物,可以观察引物3’-OH连上的是否胸苷酸(T)。即使4种核苷酸都加入到含DNA-pol III的反应体系中,第对位也只会出现T。但若只向反应体系加不是T的dNTP作底物,就“迫使”引物在第21位延长中出现错配。用柱层析技术已可以把DNA-pol III各个亚基组分分离,然后又再重新组合。如果重新组合的DNA-polIII不含ε亚基,复制错配频率出现较高。说明。亚基是执行碱基选择功能的。错配实验也常用不含ε亚基的DNA-pol III作催化,实验结果发现,错配出现的频率有如下规律:

                                    dG/dA>dA/dA>dC/dA

    用聚dA为模板,dG,dA或dC作为唯一的脱氧核苷酸来源,可以看到:模板为嘌呤时,错配为嘌呤(dG,dA)比错配为嘧啶(dC)的机会要大。

    研究嘌呤的化学结构,可知嘌呤能形成顺式和反式构型(图11-7)。要与其相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤碱应处于反式构型。而要形成嘌呤-嘌呤配对,则其中一个嘌呤必须旋转 180o,形成反式构型。错配频率的实验说明,DNA-pol Ill对嘌呤的构型表现不同亲和力,酶是通过对不同碱基构型的亲和力不同来实现其选择作用的。

    前已述及,DNA-pol III少见的10个亚基中,以αεθ为核心酶并组成较大的不对称聚

体。核心酶中,a-亚基有5’  3’聚合活性,ε有3’  5’核酸外切酶活性以及碱基选择功能。θ亚基未发现有催化活性,可能起维系二聚体的作用(图 11-5)。对各亚基功能的深入研究揭示:在校苷酸聚会之前,或在聚合当时,酶就同以控制碱基的正确选择。连同上一段谈到的校读功能,DNA复制的保真性至少要依赖三种机制:

    1.遵守严格的碱基配对规律;

    2.聚合酶在复制延长中对碱基的选择功能;

    3.复制出错时有即时的校读功能。

                    三、复制中解链和DNA分子的拓扑学变化

    活细胞内的复制应先解开DNA的超螺旋和双螺旋。目前已知的解旋、解链酶类,至少有解螺旋酶(helicase)、 DNA拓扑异构酶(DNA topoisomerase)和单链 DNA结合蛋白(single stranded DNA binding protein)三大类。它们共同起解开、理顺 DNA链,维持 DNA

在一段时间内处于单链状态的作用。

    (-)解螺旋酶

    当J.Waston和F.Crick发表DNA双螺旋结构时,就预言生物体内解开DNA双链个关键难题。模板对复制的指导作用在于碱基的准确配对,而碱基却埋在双螺旋的内部。只有把DNA解成单链,它才能起模板作用。

研究E.coli的复制时,发现有一种蛋白质当时称为复制蛋白rep(replicaion)。rep的

作用是利用ATP供能来解开DNA双链。rep蛋白以后定名为解螺旋酶。进一步探究复制

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