厦门大学研究生院于1986年9月成立，经过十年试办，1996年3月由原国家教委批准正式建院。研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教育管理机构，现任研究生院院长为吴世农副校长。
厦门大学的研究生教育始于1926年。全国解放后，为了适应我国社会主义建设和高等教育事业发展的需要，于1950年重新开始招收研究生，并于1952年成立研究部。从1950年至1965年全校有22个专业招收研究生110名，为国家培养出一批杰出人才。十年“文革”，研究生教育受阻。1978年全国恢复招收研究生，1981年实行学位制度，我校研究生教育出现新的局面，尤其是研究生院的成立，大大促进了研究生教育事业的发展。
目前全校有硕士学位授予专业116个，博士学位授权专业39个，10个一级学科博士、硕士学位授权，100个专业可以招收博士生，164个专业可以招收硕士生。学位授予专业分布在哲学、经济学、法学、教育学、文学历史学、理学、工学和管理学等9个学科门类。除培养学术型研究生外，我校有权授予工商管理、法律、公共管理和工程专业硕士学位，大力培养应用型、复合型的高层次专门人才，2004年9月全校在学研究生9743多人，其中博士生1483人。
厦门大学实行对外开放，积极开展国际学术合作和交流，先后与美、日、英、法、德、加拿大，澳大利亚等10多个国家的20多所高校建立校际合作关系，每年接受了亚、非、欧、北美的留学生数百名，其中包括研究生。目前在校的港澳台研究生人数正在不断增加。
厦门大学拥有较好的办学条件，荟萃着众多的学者名流，师资力量雄厚，在编的教授368人，副教授587多人，两院院士9人。经过遴选和聘任，现有340人担任博士生指导教师（含兼职博导），570多人担任硕士生指导教师。学科建设是发展研究生教育的基础。最近我校的政治经济学、财政学、金融学、统计学、高等教育学、国际法学、专门史、物理化学、分析化学、海洋化学、海洋生物学、动物学和会计学等13个学科专业被评为国家重点学科。此外，凝聚态物理和环境科学等10个学科被确定为省重点建设学科。
经过校内体制改革，研究生院下设研究生培养与管理处和学位与学科建设处，负责学位和研究生教育的规划和管理，全校学科建设方面的管理工作。
厦门大学的奋斗目标是：把厦门大学建成为世界知名的高水平研究型大学。
