物理与机电工程学院是顺应信息时代的需要，基于自然科学基础学科，面向工程技术应用，于1999年7月组建的一个新学院。
　　
　　学院下设物理系、机电工程系、萨本栋微机电中心和院办公室。现有在职教职工164人，其中正教授31人（博导16人），副教授30人，有博士学位的年轻教师32人。已形成年龄结构合理、知识结构优化、学术气氛浓厚的教学科研群体。学院有良好的教学和研究工作基础，有大量的图书资料和较好的实验条件。
　　
　　学院已形成基础研究与应用开发相结合的格局，现有10多个研究组，分别承担着数十项国家863项目、国家自然科学基金重点、面上、青年项目、福建省自然科学基金重大、重点项目和重大横向应用研究项目。每年到位的科研经费数百万元人民币。无论是基础研究还是应用研究方面，都取得丰硕的成果。许多研究组的成果分别获得省部级的科技进步奖、国家发明专利和专家鉴定。多项应用研究成果正逐步走向产业化。多项基础研究成果受到国际同行的重视与赞赏，在国际上有一定的影响。每年在国内外重要学术刊物上发表大量论文，其中有几十篇论文被SCI和EI收录。学院与许多国家的高校和研究所建立了广泛的联系和合作关系。每年选派数名中青年教师到国外学习进修或进行科研合作，有多个项目被国家科委和省科委列为国际合作研究项目，取得显著的合作研究成果。
　　
　　学院现有6个本科专业（物理学、无线电物理、微电子学、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、飞机工程），7个硕士点（理论物理、光学、无线电物理、凝聚态物理、微电子学与固体电子学、测量技术计量及仪器、精密仪器及机械），2个博士点（凝聚态物理、理论物理）和1个一级学科博士后流动站（物理学）。现有博士生32名，硕士生131名，本科生1043名，今后的招生数将逐年增加。不少校友在学校和院内设立奖学金和奖教金。学习成绩优异、品行良好的学生都有机会获得校级和院级的奖学金。