数学系现有数学与应用数学，信息与计算科学，数学教育（师范类）三个本科专业，基础数学，概率统计，应用数学，计算数学等四个硕士点和基础数学博士点。数学系设基础数学Ⅰ，基础数学Ⅱ，计算数学与应用软件，概率统计，应用数学等五个教研室和科学计算中心。现有教职工57人。在46名教师中，有正教授16名，副教授16名。其中博士导师12人，具博士学位的教师21人。1997年，厦门大学敦聘姜伯驹院士，刘应明院士为数学系兼职教授。现任系主任是赵俊宁教授，系总支书记是梁卫中。全系现有在读博士生23名，硕士生97名，本科生372人，大专生556人。
　　
　　1921年4月厦门大学开办时设理科，属师范部。同年6月理科改为理学部1923年理科设五个系，其中算学系即数学系前身。1930年2月理学部改为理学院，算学系改名数学系。1937年学校改归国立，数学系与物理学合并为数理系。1952年秋，全国高校院系调整，恢复成立数学系。1960年，数学系承担筹建福州大学数学系的任务，从全系教师队伍中抽调一半到福大工作。1961年，数学系开始招生研究生。1966年6月文革开始，数学系停止招生。1970年办工农试点班。1972年到1976年设置数学、控制理论两个专业。1977年恢复高考，拨乱反正，数学系获得新生，并不断得到发展。1977年数学系招数学和控制理论两个专业本科生。1978年增设计算数学专业，1981年增设计算机软件专业，1982年春，控制理论和计算机软件两个专业建立计算机科学系，数学系保留数学和计算数学两个专业。1985年5月增设应用数学专业。1998年教育部颁布新的本科专业目录，数学系设数学与应用数学，信息与计算数学两个专业。2000年开始收数学与应用数学师范类学生。