成立于2006年4月30日。学院现有教职员工62名, 其中教授、特聘教授和研究员共14名, 副教授、特聘副教授、高级工程师和高级实验师17名,讲师、助理研究员、工程师和实验师27名。其中44名教职工有硕士学位、22名具有博士学位, 另有10名在职攻读博士学位、3名在职攻读硕士学位。13名教职工具有出国留学经历。有国家杰出青年基金获得者和新世纪百千万国家级人才工程一层次人选1名, 教育部新世纪人才2名, 4人享受国务院特殊津贴；1人为教育部科技委学部委员和《10000个科学难题》编委；1人为国家新药中药评审专家、中华医学会方剂学术委员会常委和中国中西医结合学会活血化瘀学术委员会委员；1人为重庆市“322人才工程”一层次人选和“巴渝学者”特聘教授、2人为重庆首届学术技术带头人、4人为候备人选。此外, 还聘请了中国科学院孙汉董院士、英国The University of Sheffield 陈蓓宁教授、美国University of Georgia傅振芳教授为我院客座教授，聘请了中国科学院张玉奎院士、美国佛罗里达大学谢慧胜教授、清华大学林金明教授、岛津国际贸易海外部长兼全球应用中心主任端裕树博士、重庆医科大学邱宗荫教授等10余名国内外著名教授和制药工程师为本院兼职教授。已形成一支结构合理的师资队伍。

　　学院的人才培养始于1993年的药学专科。本科人才培养从1995年开始, 是国家首批批准培养“生物制药”专业人才的5个单位之一。1997年新创办药学本科专业、2001年新创办化工制药本科专业。现设有药学和制药工程2个本科专业, 分别在药学、中药学、药品营销、化工制药和生物制药等5个方向进行专业培养。现有在校本科学生778名。研究生培养始于1994年。2000年开始培养《分析化学》生物药物分析方向硕士和博士研究生，2003年获准设立《药用资源化学》博士点和《微生物与生化药学》硕士点,2005年获准《药物分析学》硕士点。现有博士生导师3名, 硕士生导师24名; 另聘有兼职博士生导师2名, 兼职硕士生导师5名。全日制在校博士生11名、硕士研究生139名。

　　学院现有化学药学、生物药学、药理学、药物制剂、药物分析学和中药学6个教研室。与重庆市第九人民医院共建临床药学教研室, 与重庆市北碚中医院共建药物制剂工程中心。学院建筑面积8000多平方米, 有包括高效液相色谱仪、傅里叶变换红外光谱仪和热分析仪等价值1700多万元的教学和科研仪器设备。建有重庆市药学实验教学示范中心、发光与实时分析(生物医药分析方向)教育部重点实验室、重庆市兽药工程技术研究中心。已建成了由实验动物洁净房、新药评价和分析测试中心组成的新药研发中心。设立了现代生物医药研究所、药用资源化学研究所、中药研究所和国际中兽医医药研究所。在重庆华邦制药股份有限公司、重庆科瑞制药有限责任公司和重庆华森制药有限公司等20余家制药企业建立了研究生培养工作站和本科生实习实训基地。???

　　学院现正承担国家重大基础研究计划、国家自然科学基金重大研究计划、重庆市重大科研计划、国家大学生创新性实验计划等各类教学和科研项目40余项, 在研经费1200多万元。在药用植物资源、药用动物资源、药用微生物资源、药物制剂、生物医药分析方面有研究特色, 是重庆市黄连和金银花研究中心, 与东田药业联合建立了“黄连开发研究实验室”。是重庆市中药产业创新战略联盟的常务副理事长单位。近5年来, 来自于海内外的广大教师已获省部级奖5项, 国家发明专利6项, 在Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)、Journal of Biological Chemistry、Analytical Chemistry、Planta Medica、European Journal of Medicinal Chemistry、中国科学 等学术刊物上发表论文250余篇。主编了《中国科学B》现代药物分析专辑（2010.5)和新世纪全国高等医药院校改革教材《中药药理学》（2010.1）。

　　为加快人才引进，西南大学制定了新的人才引进政策, 包括“杰出人才延揽计划”、“优秀人才汇聚计划” 和 “后备人才储备计划”、“海外人才柔性引进”和“学术团队引进”方案。根据学校的新政策, 学院努力实施人才引进, 广纳天下贤士, 建设新的教学和科学研究团队、努力造就一流师资。