运输管理工程系与北京交通大学同庚，具有近百年的历史，是交通大学批准建设的三个名牌专业之一，设有运输组织、运输市场营销及现代物流研究所。目前有教职员工31人，其中教授9人，副教授12人。目前主要承担交通运输本科专业的教学工作，承担交通运输规划与管理、系统工程、系统理论、系统分析与集成、安全工程等6个学科点硕士、博士生的指导与培养工作，在校博士、硕士生达200余人。运输管理工程系还承担着国家级重点学科交通运输规划与管理建设的重要任务，拥有包括运输组织现代化、高速铁路运输组织及特种货物运输理论与技术等3个211工程重点学科方向，近年来，先后承担几十项国家级、省部级科研项目，年均科研经费近1000万元。