本文对来自PDB(Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构)，并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性．结果发现蛋白质β折叠、310-helix和RNA未配对核苷酸，尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸具有显著的界面偏好性．据此，我们对二级结构进行归类，建立了考虑序列和二级结构信息的60×12氨基酸-核苷酸成对偏好势，并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选．结果表明该60×12统计势的打分成功率为65.77%，优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势，及我们小组之前在251个结构上构建的60×8*统计势．该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解，可推动复合物结构预测的进展．
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蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建
本站小编 Free考研考试/2022-01-02
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