RNA编辑是重要的转录后修饰过程，目前已有多种算法用于识别RNA编辑，本文主要研究小鼠中测序深度对RNA编辑识别算法的影响，从而为RNA编辑的研究给出建议的方法. 本文使用STAR比对软件将小鼠的RNA-seq数据进行序列比对，然后使用GATK识别SNV，并用Separate Method、GIREMI、RNAEditor 3种方法识别出RNA编辑位点. 最后对3种方法识别RNA编辑位点的共同部分、识别效率、识别稳定性、识别与测序深度的关系进行分析. 结果发现3种方法识别的编辑位点数目差异大，共有位点较少，随着测序深度的增加，识别的RNA编辑位点数也在增加. 结果表明RNA编辑识别算法在小鼠中的识别性能与测序深度呈正相关.
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测序深度对RNA编辑识别算法的影响
本站小编 Free考研考试/2022-01-02
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