删除或更新信息,请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)

细胞色素c与富勒烯衍生物的吸附相互作用

本站小编 Free考研考试/2021-12-25

张玉杰, 李晓毅
中国科学院大学材料科学与光电技术学院, 北京 100049
2018年3月30日 收稿; 2018年5月2日 收修改稿
基金项目: 国家自然科学基金(21274164)和国家重点基础研究(973)项目(2014CB931900)资助
通信作者: 李晓毅, E-mail:lixy@ucas.ac.cn

摘要: 细胞色素c是一种广泛存在在细胞线粒体中的富电子蛋白。它在与纳米材料相互作用的过程中引发自由基的生成,扩大纳米材料的生物毒性。为了在分子尺度上理解其与纳米材料的相互作用,通过分子动力学模拟研究细胞色素c与富勒烯衍生物体系(富勒醇、三丙二酸富勒烯)。分析吸附后体系的能量、均方回转半径、接触原子数以及细胞色素c中的Fe原子到富勒烯衍生物质量中心的距离,进而揭示细胞色素c与富勒烯衍生物相互作用机理。
关键词: 细胞色素c富勒醇三丙二酸富勒烯分子动力学模拟
Adsorption interaction between cytochrome c and fullerene derivatives
ZHANG Yujie, LI Xiaoyi
College of Materials Science and Opto-electronics Technology, University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China


Abstract: Cytochrome c is an electron-rich protein that widely exists in cell mitochondria. In the interaction process with nanomaterials, it generates free radicals and amplifies the biological toxicity of nanomaterials. In order to understand its interaction with nanomaterials, molecular dynamics simulations are conducted on cytochrome c and fullerene derivative systems including fullerene trimalonate and fullerol. We have studied the interaction energy, the mean radius of gyration, the number of contacting atoms, and the distance from the Fe atom in cytochrome c to the mass center of the fullerene derivative. As a result, mechanism of the interaction between cytochrome c and fullerene derivatives is revealed at the atomic dimension.
Keywords: cytochrome cfullerolfullerene trimalonatemolecular dynamics simulation
蛋白质吸附是基础而重大的问题。当外来的纳米粒子进入细胞和血浆,首先会发生蛋白质的吸附[1]。纳米粒子能够穿过细胞膜进入细胞,在器官中聚集并引发毒性反应[2]。因此研究蛋白质的吸附对于揭示纳米粒子的生物效应是必不可少的。同时,蛋白质吸附与一系列生物传感器件紧密联系,如药物运输和癌症治疗等[3-7]。因此,基于安全性和潜在应用等方面的考虑,蛋白质的吸附具有十分重要的意义。
细胞色素c是生命中一种重要的水溶性氧化还原蛋白,分子内部包含一个血红素(中心卟啉铁),广泛存在原核生物和真核生物细胞的线粒体内膜上。细胞色素c中心的血红素是电子转移的核心,在细胞能量消耗、生长和分化中有着重要的作用[8-9]
在过去的30年,富勒烯及其衍生物在多个领域具有广泛的应用,包括神经保护、抗氧化、抗菌和抗病毒活性[10-11]。富勒烯的球状结构具有强烈的非极化特性,可以形成容易穿过细胞膜的脂质体系[12]。在生物技术中,它已被广泛应用于药物运输和生物传感器等领域。其衍生物富勒醇和三丙二酸富勒烯是通过在富勒烯的碳上引入羟基和羧基而得到,其官能团分别为羟基和羧基,从而提高富勒烯的水溶性。
本文主要利用分子动力学模拟,研究细胞色素c和富勒醇(分子式为C60(OH)24)[13]、三丙二酸富勒烯(分子式为C60(C(COOH)2)3的吸附作用,为研究二者之间进一步的物理化学反应提供基础。
1 计算方法体系中的蛋白质为马心细胞色素c(Cytc,1HRC), 其初始结构是从蛋白库中获得。富勒烯衍生物是由Materials Studio软件搭建。体系中的水分子模型为TIP3P,体系到水盒子边界的距离为1 nm。为了模拟生理环境,体系中添加Na+和Cl-, 浓度为0.15 mol/L。采用CHARMM[14]力场,所用的软件为NAMD[15]。模拟过程是在NPT(1 atm, 300 K)系综下进行的。温度和压强分别用Berendsen恒温和恒压方法保持稳定。整个模拟采用周期性边界条件。
2 结果与讨论蛋白质的结构决定蛋白质的生物活性和生物功能。为了度量蛋白质的结构,本文分析相互作用能、均方根偏差(root mean square deviation, RMSD)、均方回转半径(radius of gyration, Rg)随吸附模拟时间的变化曲线。其中,RMSD为蛋白质在这个时刻的构象与初始构象进行对比,使之与初始构象的重心重合,然后计算每个对应原子的坐标的差值,把差值平方再平均,最后开根号。它表示蛋白质结构随时间的演化。Rg为蛋白分子内的每个原子到蛋白质质心距离的平方的平均值,表示蛋白质在空间的伸展程度。如图 1(a)所示,P1(细胞色素c与富勒醇)和P2(细胞色素c与三丙二酸富勒烯)的相互作用能随着模拟时间的变化,一直稳定在某一个值左右,没有大幅度的变化,说明体系处于稳定的状态,同时也说明15 ns的分子动力学模拟对这两个体系也是足够的。从图 1(b)可以看出,两个体系在15 ns的模拟时间内,细胞色素c的RMSD值先处于上下波动的状态,最后逐渐趋于稳定,说明体系结构已经达到平衡。该结果与均方回转半径得到的结果一致。细胞色素c的结晶回转半径为1.324 nm,在水溶液中为1.333 nm,细胞色素c在吸附富勒烯衍生物之后,所有的回转半径都在1.3~1.4 nm之间,P1的平均回转半径为1.312 nm,P2的平均回转半径为1.314 nm,如表 1所示。表明细胞色素c结构的稳定性。
Fig. 1
Download: JPG
larger image
图 1 相互作用能及RMSD随时间的变化 Fig. 1 Temporal evolution of the interaction energy (a) and RMSD (b)
图 1 相互作用能及RMSD随时间的变化

Fig. 1 Temporal evolution of the interaction energy (a) and RMSD (b) -->


Table 1
表 1 体系的均方回转半径、距离和接触原子数Table 1 Average value of Rg, distance, and number of contacting atoms
体系 Rg/nm 接触原子数a DFe-flub/nm
P1 1.312 31 1.326
P2 1.314 25 1.746
注:a接触原子数为距离细胞色素c表面0.5 nm范围内的富勒烯衍生物的非氢原子数;b表示细胞色素中的Fe原子到富勒烯衍生物的质心距离。

表 1 体系的均方回转半径、距离和接触原子数Table 1 Average value of Rg, distance, and number of contacting atoms

除吸附能外,均方回转半径、距离的变化和接触原子数也可以表明体系的吸附构象。距离指细胞色素c中的Fe原子到富勒醇和三丙二酸富勒烯质心间的距离。接触原子数是指距离细胞色素c表面0.5 nm范围内的富勒醇和三丙二酸富勒烯的原子数。由表 1可知,富勒醇与细胞色素c的距离更近,并且与蛋白质的接触原子数也会更多。这主要是由于富勒醇中的羟基官能团的个数比较多,并在富勒烯表面分布均匀,相比于三丙二酸富勒烯而言,富勒醇具有更高的水溶性,在水溶液中可以更稳定地存在,同时,富勒醇中的羟基与蛋白质残基中氨基形成的氢键也远多于三丙二酸富勒烯中的羧基与氨基所形成的氢键,从而大大加强了富勒醇与蛋白的相互作用。因此,富勒醇与细胞色素c的相互作用更强,可以更稳定地吸附在细胞色素c的表面,图 2为稳定后的轨迹截图。
Fig. 2
Download: JPG
larger image
图 2 体系P1在15 ns时的轨迹截图 Fig. 2 Snapshot of system P1 at 15 ns
图 2 体系P1在15 ns时的轨迹截图

Fig. 2 Snapshot of system P1 at 15 ns -->

3 结论本文通过分子动力学模拟的方法研究富勒醇和三丙二酸富勒烯与细胞色素c的吸附过程,通过相互作用能、均方回转半径、均方根偏差、接触原子数等研究吸附后的结构。结果表明,细胞色素c的结构没有发生很大的改变。此外,模拟结果也表明,富勒醇与细胞色素c的因含有较多的氢键数而具有更强的相互作用,更容易对生物体产生影响。
本文的计算结果是在中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心的“元”超级计算机上得到的。
参考文献
[1] Gunawan C, Im M, Marquis C P, et al. Nanoparticle-protein corona complexes govern the biological fates and functions of nanoparticles[J]. Journal of Materials Chemistry B, 2014, 2(15): 2060-2083. DOI:10.1039/c3tb21526a
[2] Shang L, Yang L X, Seiter J, et al. Nanoparticles interacting with proteins and cells:a systematic study of protein surface charge effects[J]. Advanced Materials Interfaces, 2014, 1(2): 1-10.
[3] Fischer T, Agarwal A, Hess H. A smart dust biosensor powered by kinesin motors[J]. Nature Nanotechnology, 2009, 4(3): 162-166. DOI:10.1038/nnano.2008.393
[4] Im H, Huang X J, Gu B, et al. A dielectric-modulated field-effect transistor for biosensing[J]. Nature Nanotechnology, 2007, 2(7): 430-434. DOI:10.1038/nnano.2007.180
[5] Orosco M M, Pacholski C, Sailor M J. Real-time monitoring of enzyme activity in a mesoporous silicon double layer[J]. Nature Nanotechnology, 2009, 4(4): 255-258. DOI:10.1038/nnano.2009.11
[6] Graslund S, Nordlund P, Weigelt J, et al. Protein production and purification[J]. Nature Methods, 2008, 5(2): 135-146. DOI:10.1038/nmeth.f.202
[7] Thingholm T E, Jorgensen T J D, Jensen O N, et al. Highly selective enrichment of phosphorylated peptides using titanium dioxide[J]. Nature Protocols, 2006, 1(4): 1929-1935. DOI:10.1038/nprot.2006.185
[8] Bushnell G W, Louie G V, Brayer G D. High-resolution three-dimensional structure of horse heart cytochrome c[J]. Journal of Molecular Biology, 1990, 213(2): 585-595.
[9] Steven J M. Cytochrome c as an experimental model protein[J]. Metallomic, 2011, 3(4): 319-322. DOI:10.1039/c0mt00089b
[10] Bosi S, Tatiana D R, Spalluto G, et al. Fullerene derivatives:an attractive tool for biological applications[J]. European Journal of Medicine Chemistry, 2003, 38(11): 913-923.
[11] Rajagopalan M, Oh I. Fullerenol-based electroactive artificial muscles utilizing biocompatible polyetherimide[J]. ACS Nano, 2011, 5(3): 2248-2256. DOI:10.1021/nn103521g
[12] Montellano A, Tatiana D R, Biancob A, et al. Fullerene C60 as a multifunctional system for drug and gene delivery[J]. Nanoscale, 2011, 3(10): 4035-4041. DOI:10.1039/c1nr10783f
[13] Maciel C, Fileti E E, Rivelino R. Assessing the solvation mechanism of C60(OH)24 in aqueous solution[J]. Chemical Physics Letters, 2001, 507(4): 244-247.
[14] MacKerell A D, Bashford D, Bellott M, et al. All-atom empirical potential for molecular modeling and dynamics studies of proteins[J]. Journal of Physical Chemistry B, 1998, 102(18): 3586-3616. DOI:10.1021/jp973084f
[15] Phillips J C, Braun R, Wang W, et al. Scalable molecular dynamics with namd[J]. Journal of Computional Chemistry, 2005, 26(16): 1781-1802. DOI:10.1002/(ISSN)1096-987X


相关话题/细胞 结构 生物 基础 纳米

  • 领限时大额优惠券,享本站正版考研考试资料!
    大额优惠券
    优惠券领取后72小时内有效,10万种最新考研考试考证类电子打印资料任你选。涵盖全国500余所院校考研专业课、200多种职业资格考试、1100多种经典教材,产品类型包含电子书、题库、全套资料以及视频,无论您是考研复习、考证刷题,还是考前冲刺等,不同类型的产品可满足您学习上的不同需求。 ...
    本站小编 Free壹佰分学习网 2022-09-19
  • DNA对纳米CeO2线类氧化酶活性的影响
    杨丁丁,姚鑫中国科学院大学化学科学学院,北京1000492017年12月19日收稿;2018年3月29日收修改稿基金项目:国家自然科学基金(21271184)、973项目(2014CB931900)和中国科学院科学仪器发展项目(ZDKYYQ20170001)资助通信作者:姚鑫,E-mail:yaox ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 两种不同纳米金修饰方法制备的Au/CeO2复合物的抗氧化性能
    法孟梅,姚鑫中国科学院大学化学科学学院,北京1000492017年12月18日收稿;2018年3月6日收修改稿基金项目:国家自然科学基金(21271184)、973项目(2014CB931900)和中国科学院科学仪器发展项目(ZDKYYQ20170001)资助通信作者:姚鑫,E-mail:yaox@ ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 民国时期乌鲁木齐城市的社会空间结构
    贾晓婷1,2,雷军1,张小雷11.中国科学院新疆生态与地理研究所,乌鲁木齐830011;2.中国科学院大学,北京1000492017年8月4日收稿;2017年11月13日收修改稿基金项目:国家自然科学基金(41671168)资助通信作者:雷军,E-mail:leijun@ms.xjb.ac.cn摘要 ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 纳米TiO2分散液的制备及其光催化性能
    吴志娇1,翟彦青2,郭瑞2,曹宝升2,朴玲钰11.中国科学院纳米标准与检测重点实验室,中国科学院纳米科学卓越创新中心,国家纳米科学中心,北京100190;2.北京石油化工学院化学工程学院,北京1026172017年10月26日收稿;2017年12月7日收修改稿基金项目:科技部重点研发计划(2016Y ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 武汉东湖新技术开发区产业创新与产业结构优化升级的耦合研究
    陈妤凡1,2,王开泳11.中国科学院地理科学与资源研究所/中国科学院区域可持续发展分析与模拟重点实验室,北京100101;2.中国科学院大学,北京1000492017年5月31日收稿;2017年10月24日收修改稿基金项目:国家自然科学基金(41471126,41371178)资助通信作者:王开泳, ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 滑溜水压裂液与页岩储层化学反应及其对孔隙结构的影响
    孙则朋1,2,王永莉1,吴保祥1,卓胜广3,魏志福1,汪亘1,徐亮1,21.甘肃省油气资源研究重点实验室/中国科学院油气资源研究重点实验室,兰州730000;2.中国科学院大学,北京100049;3.东北大学秦皇岛分校,河北秦皇岛0660042017年6月22日收稿;2017年10月25日收修改稿基 ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 厚胶层复合材料黏接结构中超声反射/透射特性的有限元仿真*
    在航空航天、新型汽车、大型风机叶片等应用领域中,具有厚胶层(数毫米厚)特点的复合材料黏接结构屡见不鲜[1-2]。例如,在大型风机叶片中,由玻璃纤维增强复合材料(GFRP)或碳纤维增强复合材料(CFRP)组成的厚胶层黏接结构几乎遍布叶片全身。针对厚胶层复合材料黏接结构,基于声学性能参数(如超声反射/透 ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 环氧树脂基复合材料加筋板结构吸湿行为研究*
    纤维增强聚合物基复合材料具有比强度高、比模量高、质量轻、耐腐蚀性强及一体化成型等特点,被广泛应用到现代飞机结构部件上[1-2]。尽管相比金属材料,复合材料具有良好的耐腐蚀性,但研究发现,在总体或局部环境中由于温度、湿度等影响作用,聚合物基复合材料会发生湿热老化效应导致力学性能退化,进而甚至威胁到飞机 ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 基于改进加权响应面的结构可靠度计算方法*
    在现有的结构可靠度分析方法中,一次二阶矩法[1]、二次二阶矩法[2-3]的精度较低,并且在非线性程度较高的情况下还会遇到无法收敛的问题。蒙特卡罗法[4-5]虽然能够得到精确解,但需要大量的抽样和计算时间,限制了其实际应用。响应面法[6]采用多项式函数来近似极限状态函数,原理简单、易于操作且计算效率较 ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25
  • 基于导重法的自重载荷下悬臂梁结构拓扑优化*
    结构拓扑优化是指在一定的设计区域内,在满足特定的约束条件和边界条件情况下,寻求材料最优分配的过程。拓扑优化的问题自其被提出以来就受到了广泛的关注和研究,包括载荷不确定问题[1-2]、传热学问题[3-4]、非线性问题[5]及工程应用问题[6-7]等。重力作为工程应用中无法避免的载荷,在很多结构设计中是 ...
    本站小编 Free考研考试 2021-12-25