龙眼SKP1-like家族成员鉴定及体胚发生早期表达分析

张春渝, 许小琼, 徐小萍, 赵鹏程, 申序, MunirNigarish, 张梓浩, 林玉玲, 陈振光, 赖钟雄^*()

福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州 350002

收稿日期:2021-02-09修回日期:2021-08-11出版日期:2021-09-25发布日期:2021-09-30
通讯作者:赖钟雄E-mail:Laizx01@163.com

基金资助:国家自然科学基金项目(31572088);福建省高原学科建设经费项目(102/71201801101);福建农林大学科技创新专项基金项目(KF2015108);福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2017189);福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2018076)

Genome-wide Identification of the SKP1-like Family and Analysis of Their Expression During Early Somatic Embryogenesis in Longan

ZHANG Chunyu, XU Xiaoqiong, XU Xiaoping, ZHAO Pengcheng, SHEN Xu, Munir Nigarish, ZHANG Zihao, LIN Yuling, Chen Zhenguang, LAI Zhongxiong^*()

Institute of Horticultural Biotechnology,Fujian Agriculture and Forestry University,Fuzhou 350002,China

Received:2021-02-09Revised:2021-08-11Online:2021-09-25Published:2021-09-30
Contact:LAI Zhongxiong E-mail:Laizx01@163.com

摘要/Abstract

摘要： 为研究S-phase kinase-associated protein 1-like（SKP1-like）在龙眼中的分子特性以及其在体胚发生早期的表达模式,基于模式植物拟南芥SKP1-like的氨基酸序列,在龙眼基因组数据库中进行SKP1-like成员的鉴定。同时,通过生物信息学方法对其蛋白理化性质、系统进化特征、染色体定位、共线性与选择压力、基因结构、保守基序、蛋白结构、蛋白互作网络、启动子顺式元件进行分析,并结合龙眼转录组数据分析其在体胚发生早期的表达模式。研究结果表明：龙眼SKP1-like家族基因共有14个成员,分别将其命名为DlSKP1-1 ~ DlSKP1-14。龙眼SKP1-like（DlSKP1）家族基因编码蛋白质的氨基酸数、分子量以及等电点分别为75 ~ 399 aa、8.29 ~ 45.34 kD、4.44 ~ 5.76,均不含信号肽,可能主要定位于叶绿体中。DlSKP1家族存在1对串联重复基因以及4对片段重复基因。蛋白互作结果提示,DlSKP1家族成员可能与多种蛋白（尤其F-Box家族蛋白）存在互作关系。启动子顺式作用元件的结果表明,DlSKP1家族成员启动子含有较多脱落酸（Abscisic acid,ABA）与茉莉酸甲酯（Methyl jasmonate,MeJA）响应元件。此外,DlSKP1成员在龙眼体胚发生早期存在5种不同的表达模式,其中3个成员（DlSKP1-6、DlSKP1-8、DlSKP1-13）在各阶段的表达量较其他成员较高。研究结果显示,DlSKP1家族成员可能与F-Box蛋白存在互作作用,并且可能参与ABA、MeJA的调控过程,还可能在龙眼体胚的形态建成中发挥重要作用。
中图分类号:
S667.2

引用本文

张春渝, 许小琼, 徐小萍, 赵鹏程, 申序, MunirNigarish, 张梓浩, 林玉玲, 陈振光, 赖钟雄. 龙眼SKP1-like家族成员鉴定及体胚发生早期表达分析[J]. 园艺学报, 2021, 48(9): 1665-1679.
ZHANG Chunyu, XU Xiaoqiong, XU Xiaoping, ZHAO Pengcheng, SHEN Xu, Munir Nigarish, ZHANG Zihao, LIN Yuling, Chen Zhenguang, LAI Zhongxiong. Genome-wide Identification of the SKP1-like Family and Analysis of Their Expression During Early Somatic Embryogenesis in Longan[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(9): 1665-1679.





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