香石竹WRKY家族全基因组鉴定及其表达分析
林胜男, 刘杰玮, 张晓妮, 包满珠, 傅小鹏*(
) 华中农业大学园艺林学学院,园艺植物生物学教育部重点实验室,农业农村部华中都市农业重点实验室（试运行）,武汉 430070
收稿日期:2021-04-09修回日期:2021-05-26出版日期:2021-09-25发布日期:2021-09-30通讯作者:傅小鹏E-mail:fuxiaopeng@mail.hzau.edu.cn基金资助:国家自然科学基金项目(31872135);中央高校基本科研业务费专项(2662018JC036)Genome-wide Identification and Expression Analysis of WRKY Gene Family in Dianthus caryophyllus
LIN Shengnan, LIU Jiewei, ZHANG Xiaoni, BAO Manzhu, FU Xiaopeng*() College of Horticulture and Forestry Science,Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China
Received:2021-04-09Revised:2021-05-26Online:2021-09-25Published:2021-09-30Contact:FU Xiaopeng E-mail:fuxiaopeng@mail.hzau.edu.cn摘要/Abstract
摘要： 以拟南芥WRKY蛋白序列及保守结构域种子文件（PF03106）检索香石竹（Dianthus caryophyllus L.）基因组数据库,共鉴定出香石竹WRKY家族基因DcaWRKY 53个,分别编码161 ~ 747个氨基酸,蛋白质平均分子量在18.27 ~ 82.58 kD之间,等电点在5.07 ~ 10.25之间,内含子数1 ~ 5。系统发育分析显示,DcaWRKY可分为3组,其中groupⅡ又可进一步分为5个亚组。DcaWRKY结构域具有高度保守性,皆为WRKYGQK七肽结构域,偶有变型。DcaWRKY20的N端WRKYGQK七肽结构域出现缺失,形成了WRK的缺失变型;DcaWRKY39的C端WRKYGQK七肽结构域中的K突变成了N,形成了WRNYGQK七肽结构域;DcaWRKY48为WRKYGKK七肽结构域。DcaWRKY蛋白序列中至少存在10个保守基序,同源关系较近的成员具有相似的保守基序。启动子区的顺式作用元件分析显示DcaWRKY启动子区含有大量与光信号、植物激素、胁迫和分生组织等相关的功能域。转录组数据分析结果显示,有20个DcaWRKY在不定根形成过程中表现出不同程度地上调或下调,推测其可能在香石竹插穗不定根形成过程中发挥重要作用。定量分析结果表明DcaWRKY11、DcaWRKY13、DcaWRKY15、DcaWRKY22、DcaWRKY23、DcaWRKY31及DcaWRKY39的表达模式与转录组结果基本一致,且在香石竹不定根生长过程中表现出多样性。此外,DcaWRKY在生长素处理组和对照组中的表达水平无显著差异性,说明DcaWRKY对生长素不敏感。
中图分类号:
S681.5
引用本文
林胜男, 刘杰玮, 张晓妮, 包满珠, 傅小鹏. 香石竹WRKY家族全基因组鉴定及其表达分析[J]. 园艺学报, 2021, 48(9): 1768-1784.
LIN Shengnan, LIU Jiewei, ZHANG Xiaoni, BAO Manzhu, FU Xiaopeng. Genome-wide Identification and Expression Analysis of WRKY Gene Family in Dianthus caryophyllus[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(9): 1768-1784.
PDF全文下载地址:
http://www.ahs.ac.cn/CN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=107076
