草莓LIM家族候选基因的鉴定及在非生物胁迫下的表达

张志强, 卢世雄, 马宗桓, 李彦彪, 高彩霞, 陈佰鸿, 毛娟()

甘肃农业大学园艺学院,兰州 730070

收稿日期:2021-01-22修回日期:2021-04-06出版日期:2021-08-25发布日期:2021-09-06
通讯作者:毛娟E-mail:maojuan-81@163.com

基金资助:高等学校创新基因项目(2021B-142);甘肃省科技重大专项(18ZD2NA006);甘肃省现代农业产业技术体系建设专项资金项目(GARS-SG-3)

Bioinformatic Identification and Expression Analysis of Candidate Genes of LIM Protein Family in Strawberry Under Abiotic Stresses

ZHANG Zhiqiang, LU Shixiong, MA Zonghuan, LI Yanbiao, GAO Caixia, CHEN Baihong, MAO Juan()

College of Horticulture,Gansu Agricultural University,Lanzhou 730070,China

Received:2021-01-22Revised:2021-04-06Online:2021-08-25Published:2021-09-06
Contact:MAO Juan E-mail:maojuan-81@163.com

摘要/Abstract

摘要： 利用NCBI、GDR数据库对草莓LIM家族候选基因在草莓基因组水平进行生物信息学分析,鉴定获得4个亚族37个候选LIM基因,其中9个来自森林草莓（Fragaria vesca L.）,28个来自凤梨草莓（F. ananassa Duch.）。草莓LIM家族候选基因主要分布在细胞核;其密码子偏好性较弱,偏向使用以A/T结尾的同义密码子。FvLIM和FaLIM启动子序列上游2 kb区域包含大量激素及非生物胁迫响应元件。10% PEG、200 mmol · L^-1 NaCl、4 ℃低温胁迫下,随着处理时间延长LIM家族候选基因在凤梨草莓‘红颜’中比森林草莓中上调趋势更明显。4 ℃低温处理下,森林草莓中以FvLIM5（12 h）和FvLIM7（24 h）上调最为明显,而凤梨草莓‘红颜’中以FaLIM25（12 h）和FaLIM18（24 h）上调最为显著,总体对低温响应较明显。实时荧光定量PCR分析结果表明,草莓LIM家族候选基因在不同组织中的表达量存在一定差异,在根和花中的表达量偏高。综合以上分析结果,预测草莓LIM家族候选基因可能在响应非生物胁迫以及根和花的发育中发挥重要作用。
中图分类号:
S668.4

引用本文

张志强, 卢世雄, 马宗桓, 李彦彪, 高彩霞, 陈佰鸿, 毛娟. 草莓LIM家族候选基因的鉴定及在非生物胁迫下的表达[J]. 园艺学报, 2021, 48(8): 1485-1503.
ZHANG Zhiqiang, LU Shixiong, MA Zonghuan, LI Yanbiao, GAO Caixia, CHEN Baihong, MAO Juan. Bioinformatic Identification and Expression Analysis of Candidate Genes of LIM Protein Family in Strawberry Under Abiotic Stresses[J]. Acta Horticulturae Sinica, 2021, 48(8): 1485-1503.





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