杏衰退萎黄病病毒的siRNA高通量测序和RT-PCR鉴定
陈雅寒1,2,*，马 强1,*，孙平平1，张 磊1，李正男1,**1内蒙古农业大学园艺与植物保护学院，呼和浩特 010018；2西北农林科技大学植物保护学院，陕西杨凌 712100
出版日期:2020-04-25发布日期:2020-04-25基金资助:内蒙古农业大学高层次人才科研启动金项目（NDYB2018-3）；内蒙古自然科学基金项目（2019MS03021）Identification of Viruses Causing Apricot Decline and Leaf Chlorosis Disease by siRNA High-throughput Sequencing and RT-PCR Detection
CHEN Yahan1,2,*，MA Qiang1,*，SUN Pingping1，ZHANG Lei1，and LI Zhengnan1,**1College of Horticulture and Plant Protection，Inner Mongolia Agricultural University，Huhhot 010018，China；2College of Plant Protection，Northwest A &F University，Yangling，Shaanxi 712100，China
Online:2020-04-25Published:2020-04-25摘要/Abstract
摘要： 为了明确引起杏衰退萎黄病的病毒种类，利用小干扰RNA（small interfering RNA，siRNA）高通量测序技术，结合生物信息寻找杏衰退萎黄样品中的病毒序列，发现存在亚洲李属病毒1（Asian prunus virus 1，APV1）和亚洲李属病毒3（Asian prunus virus 3，APV3）。为了验证该结果，采用RT-PCR对10个待测杏样品进行APV1、APV2和APV3检测，所有样品中未检测到APV2，检出APV1和APV3的样品数分别为3和4个。对检测到病毒的外壳蛋白（coat protein，CP）进行测序和系统进化分析，分别获得了3条653 bp的APV1和4条1 031 bp（或1 032 bp）的APV3 CP基因片段；3条APV1 CP基因核苷酸序列一致性为99.2% ~ 99.8%，与NCBI中已发表的26个APV1 CP基因序列一致性为44.0% ~ 99.8%；4条APV3 CP基因序列一致性为78.5% ~ 99.5%，与NCBI中已发表的26个APV3 CP基因序列一致性为44.7% ~ 99.5%。
中图分类号:
S 662.2
引用本文
陈雅寒1,2,*，马 强1,*，孙平平1，张 磊1，李正男1,**. 杏衰退萎黄病病毒的siRNA高通量测序和RT-PCR鉴定[J]. 园艺学报, 2020, 47(4): 725-733.
CHEN Yahan1,2,*，MA Qiang1,*，SUN Pingping1，ZHANG Lei1，and LI Zhengnan1,**. Identification of Viruses Causing Apricot Decline and Leaf Chlorosis Disease by siRNA High-throughput Sequencing and RT-PCR Detection[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2020, 47(4): 725-733.
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