杨梅基因组SSR引物的开发与应用
张淑文1，梁森苗1，郑锡良1，任海英1，朱婷婷1，戚行江1,2,*（1浙江省农业科学院园艺研究所，杭州 310021；2浙江省农业科学院农业农村部创意农业重点实验室，杭州 310021）
出版日期:2019-01-25发布日期:2019-01-25Development of Genomic SSR and Application in Chinese Bayberry
ZHANG Shuwen1，LIANG Senmiao1，ZHENG Xiliang1，REN Haiying1，ZHU Tingting1，and QI Xingjiang1,2,*（1Institute of Horticulture，Zhejiang Academy of Agricultural Sciences，Hangzhou 310021，China；2Key Laboratory of Creative Agriculture，Zhejiang Academy of Agricultural Sciences，Hangzhou 310021，China）
Online:2019-01-25Published:2019-01-25摘要/Abstract
摘要： 基于杨梅（Myrica rubar Sieb. et Zucc.）基因组序列信息，研究了1 431条scaffold中SSR位点的分布特点。共发掘到二至六核苷酸SSR位点43 842个，分布在623条scaffold中，共有194种重复单元。二核苷酸SSR位点有36 383个，占总SSR的82.99%；AG/CT的出现频率最高，为55.70%，占总SSR位点的46.23%。三核苷酸SSR位点有6 115个，占总SSR的13.95%。四核苷酸SSR位点有827个，占1.89%。五核苷酸SSR位点为245个，占0.56%。六核苷酸SSR位点为272个，占0.62%。设计合成了59对基因组SSR引物，多态性分析显示，高度多态性引物26对，中度多态性引物为33对；将其应用于杨梅优株早鲜856及其他13个主栽品种的聚类分析，结果表明，上述引物在相似系数0.56处将14份杨梅材料分为两个群体，早鲜856与其他13个主栽品种在DNA水平上均存在差异，且与对照品种‘早色’的相似系数为0.86。
中图分类号:
S 667.6
引用本文
张淑文1，梁森苗1，郑锡良1，任海英1，朱婷婷1，戚行江1,2,*. 杨梅基因组SSR引物的开发与应用[J]. 园艺学报, 2019, 46(1): 149-156.
ZHANG Shuwen1，LIANG Senmiao1，ZHENG Xiliang1，REN Haiying1，ZHU Tingting1，and QI Xingjiang1,2,*. Development of Genomic SSR and Application in Chinese Bayberry[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(1): 149-156.
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