葡萄果粒形状简化基因组关联分析

张 恒1,2,*，刘众杰1,*，樊秀彩2，张 川1，崔力文1，刘崇怀2,**，房经贵1,**

（1南京农业大学园艺学院，南京 210095；2中国农业科学院郑州果树研究所，郑州 450009）

出版日期:2017-10-25发布日期:2017-10-25

Genome-wide Association Mapping of Berry Shape Traits via the Reduced Representation Sequencing in Grape

ZHANG Heng1,2,*，LIU Zhongjie1,*，FAN Xiucai2，ZHANG Chuan1，CUI Liwen1，LIU Chonghuai2,**，and FANG Jinggui1,**

（1College of Horticulture，Nanjing Agricultural University，Nanjing 210095，China；2Zhengzhou Fruit Research Institute，Chinese Academy of Agricultural Sciences，Zhengzhou 450009，China）

Online:2017-10-25Published:2017-10-25

摘要/Abstract

摘要： 为了寻找控制葡萄果粒形状的基因位点，本研究中对304个葡萄种质的果形性状了进行简化基因组关联分析。对葡萄种质材料的基因组DNA进行测序，平均测序深度为8.13×，共开发466 618个SLAF标签，其中多态性SLAF标签有392 374个。比对测序分析获得了4 241 729个SNP标记，进一步根据完整度大于0.8以及次要基因型频率大于0.05的标准进行过滤，共得到481 192个SNP。本次检测到的控制葡萄果粒形状的相关位点为首次报道，除基于一般线性模型的SNP rs26137624外，其余检测表型遗传变异贡献率均大于11%。基于一般线性模型和混合线性模型分别关联到7个和3个显著性SNP标记，且均位于2号染色体上。通过筛选每个显著性SNP标记上下游区域，对关联区域进行功能基因挖掘，共得到10个有预测功能注释的基因和7个未知功能的基因。
中图分类号:
S 663.1

引用本文

张 恒1,2,*，刘众杰1,*，樊秀彩2，张 川1，崔力文1，刘崇怀2,**，房经贵1,**. 葡萄果粒形状简化基因组关联分析[J]. 园艺学报, 2017, 44(10): 1959-1968.
ZHANG Heng1,2,*，LIU Zhongjie1,*，FAN Xiucai2，ZHANG Chuan1，CUI Liwen1，LIU Chonghuai2,**，and FANG Jinggui1,**. Genome-wide Association Mapping of Berry Shape Traits via the Reduced Representation Sequencing in Grape[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2017, 44(10): 1959-1968.





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