几种植物花分生组织决定基因APETALA1密码子使用模式比较

吴彦庆^1,2，李志远^1,2，赵大球²，陶俊^2,*

¹扬州大学动物科学与技术学院，江苏扬州 225009；²扬州大学园艺与植物保护学院，江苏省作物遗传生理重点实验室，江苏扬州 225009

出版日期:2017-03-25发布日期:2017-03-25

Comparative Analysis of Codon Usage Patterns in APETALA1 Gene Across Several Plant Species

WU Yanqing^1,2，LI Zhiyuan^1,2，ZHAO Daqiu²，and TAO Jun^2,*

¹College of Animal Science and Technology，Yangzhou University，Yangzhou，Jiangsu 225009，China；²Key Laboratory of Crop Genetics and Physiology，College of Horticulture and Plant Protection，Yangzhou University，Yangzhou，Jiangsu 225009，China

Online:2017-03-25Published:2017-03-25

摘要/Abstract

摘要： 为了揭示花分生组织决定基因AP1（APETALA1）的分子机制以及物种间的进化关系，从GenBank数据库挑选8个不同植物AP1基因编码序列，利用R软件分别计算GC含量、有效密码子数（Effective number of codons，ENC）、同义密码子相对使用度（Relative synonymous codon usage，RSCU）、相对密码子使用偏好性（Relative codon usage bias，RCBS）等参数，分析比较不同植物AP1基因密码子使用模式中密码子偏好性和碱基组成动力学。结果表明，不同植物AP1基因密码子使用受到GC偏好性（GC bias）影响，特别是GC3s；大多数最优密码子偏好使用以A/U结尾，其中不同植物AP1基因中ACA、AUA和CAG均表现为较高的RSCU值，为最优势密码子；芍药（Paeonia lactiflora）和牡丹（Paeonia suffruticosa）AP1基因的密码子使用特点相似，碧桃（Prunus persica）和苹果（Malus × domestica）相似；较低的最优密码子频率Fop值和较高的ENC值暗示了不同植物AP1基因在密码子使用中具有一个较弱的偏好性。

引用本文

吴彦庆1,2，李志远1,2，赵大球2，陶 俊2,*. 几种植物花分生组织决定基因APETALA1密码子使用模式比较[J]. 园艺学报, 2017, 44(3): 504-514.
WU Yanqing1,2，LI Zhiyuan1,2，ZHAO Daqiu2，and TAO Jun2,*. Comparative Analysis of Codon Usage Patterns in APETALA1 Gene Across Several Plant Species[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2017, 44(3): 504-514.





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