二维码（扫一下试试看！） | | 脑影像与基因组数据关联的交互可视化方法研究 | | Research on Interactive Visualization Method of Brain Image and Genomic Data Association | | 投稿时间：2018-10-20 | | DOI：10.15918/j.tbit1001-0645.2019.s1.003 | | 中文关键词:基因数据脑影像可视化交互全基因组关联研究单核苷酸多态性 | | English Keywords:gene databrain imagingvisualizationinteractiongenome-wide association study(GWAS)single nucleotide polymorphism(SNP) | | 基金项目:国家自然科学基金资助项目（61773134、61803117），中央高校基本科研业务费专项资金资助项目（HEUCFG201824）； 国家重大科学仪器设备开发专项基金资助项目（2012YQ04014010） | | 作者 | 单位 | E-mail | | 李金 | 哈尔滨工程大学 自动化学院, 黑龙江, 哈尔滨 150001 | | | 刘文杰 | 哈尔滨工程大学 自动化学院, 黑龙江, 哈尔滨 150001 | | | 孟祥莲 | 哈尔滨工程大学 自动化学院, 黑龙江, 哈尔滨 150001 | | | 边晨源 | 哈尔滨工程大学 自动化学院, 黑龙江, 哈尔滨 150001 | | | 梁洪 | 哈尔滨工程大学 自动化学院, 黑龙江, 哈尔滨 150001 | lh@hrbeu.edu.cn |
| | 摘要点击次数:4106 | | 全文下载次数:419 | | 中文摘要: | | 可视化是基因组数据分析的一个重要部分，而下一代测序技术和基于阵列的分析方法产生的数据集的数量和多样性对现有的可视化工具提出了重大挑战.针对于这些问题，通过比对已有的可视化工具，总结其优势与不足，设计了一个可视化系统，从全基因组关联研究的数据中挖掘出显著的基因组数据信息，并且将此信息与脑影像结合起来.将研究者关注的信息生成热图（Heatmap Plot），在Heatmap图中的数据信息可以显示相应表型对应的曼哈顿图，以及相应单核苷酸多态性对应的脑影像中的表型信息（不同区域使用不同p-value进行颜色绘制），给予研究者更加直接的可视化表现. | | English Summary: | | Visualization is an important part of genome data analysis. However, the size and diversity of data sets generated by today's sorting and array based analysis methods pose major challenges to current visualization tools. For this reason, comparing the advantages and deficiencies with existing visualization tools, a visualization system was designed to extract the significant information from the data of Genome-wide association study (GWAS) and combine this information with the brain image. It can generate a Heatmap Plot of information that the researcher is interested in. The data in the Heatmap Plot can display the Manhattan Plot for the corresponding phenotype and the phenotype information (different regions use different p-value for color rendering) in the Brain Image to the corresponding Single nucleotide polymorphism (SNP). This visualization system would provide the researcher more intuitive visualization. | | 查看全文查看/发表评论下载PDF阅读器 | |
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