浙江中医学院基础医学系（原基础部）成立于1984年，现有中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中医临床基础、中医医史文献、生理学、病理学、微生物寄生虫与医学统计学、生物化学、解剖与组织胚胎学、外语11个教研室和1个系办公室；拥有省级重点学科1个（中医临床基础）、院级重点学科2个（中医诊断学、方剂学）；博士点1个（中医临床基础）、硕士点3个（中医临床基础、中医基础理论、中医诊断学）；研究所2个（中医临床基础、心脑血管病研究所），下设研究室5个（中医基础理论、文献、免疫病、心脑血管、方药开发）；专科门诊部1个；管理学生899名，覆盖中医学、临床医学、计算机科学与技术三个专业；系总支下设教师党支部3个，学生党支部2个，基础医学系分团委1个。现有在编教师89名，具有副高以上职称的38人（正高8人、副高30人），占在职人数的42.5%，具有硕士以上学历的27人（博士7人、硕士20人），占在职人数的31%.
　　
　　基础医学系承担着全院学生的基础课教学工作，学时数占学院总学时数的近1/2，全体教职工在完成繁重的教学任务同时还进行大量的科研工作。近5年来，承担各项课题29项，其中国家自然科学基金项目3项、国家中医药管理局项目2项、国家教育部项目1项、中宣部项目1项、省自然科学基金项目5项、省卫生厅项目1项、省教育厅项目20项、省中医药管理局重点项目2项，一般项目21项。
　　
　　师资队伍：现有在编教师89名，其中副高以上职称的38人（正高6人、副高32人），占在职人数的42.5%，具有硕士以上学历的27人（博士7人、硕士20人），占在职人数的31%.
　　
　　党的建设：基础医学系总支共有党员45名，下设3个教师党支部，3个学生党支部。
　　
　　教学工作：现有中医基础理论、中医诊断学、方剂学、中医临床基础、中医医史文献、生理学、病理学、微生物与寄生虫、生物化学、人体解剖与组织胚胎学、英语11个教研室，承担我院27门基础课程，截止2000年已有8门主干课程通过学院合格评估。2001年，机能、形态实验室顺利通过浙江省普通高校基础课实验室合格评估。
　　
　　学科建设：现有国家中医药管理局重点学科和省级重点学科1个（中医临床基础）、院级重点学科2个（中医诊断学、方剂学）；博士点1个（中医临床基础）、硕士点3个（中医临床基础、中医基础理论、中医诊断学）；研究所1个（中医临床基础），下设研究室5个（中医基础理论、文献、免疫病、心脑血管、方药开发）。
　　
　　科学研究：近5年来，承担国家自然科学基金项目3项、国家中医药管理局项目2项、国家教育部项目1项、中宣部项目1项、省自然科学基金项目3项、省卫生厅项目1项、省教育厅项目17项、省中医药管理局重点项目2项，一般项目21项。
　　
　　学生管理：基础医学系现有学生899名，覆盖中医学、临床医学、计算机科学与技术3个专业，学生管理人员4名，下设3个团总支，共计共青团员890名。