浙江中医学院药学系创建于1986年，前身为中药系。1999年更名为药学系，下设中药学（贸易）专业，中药学（新产品开发）专业，药物制剂专业和药学专业，是目前国内药学专业门类较为齐全，中、西药两大领域并蓄，具有专科生、本科生、硕士生、博士生多层次人才培养能力的少数院校之一。现有中药学、药理学硕士点两个，与上海、成都中医药大学联合培养中药学博士；中药学科为浙江省优秀重点扶植学科，其所属的中药新产品制剂研究室为省级重点实验室。现正有正高级职称5人，其中博士生导师二名，副高级职称25人，国家新药审评专家1名，著名药理学专家2名，省“151人才工程”第一层次1名，省高校中青年学科带头人2名。
　　
　　近几年来，本系承担科研课题近60项，鉴定课题31项，国家级92项，省部级28项。技术转让15项，2000年新产品开发等横向课题收入200多万元。1996年本系被国家药管理局确定为执业药师资格考试考前培训点，执业药师资格考试考前培训连续5年考试通过率在50%以上，位居国内外培训点之首。
　　
　　由于专业设置符合社会需求，两年来，本系毕业生供不应求，今年本学科毕业生就业率位100%，其中70%以上在杭州地区落实了满意的就业单位。2001年我系招本科生487名，其中，药物制剂专业90名，药学专业60名，中药学（新产品开发）专业200名，中药学（贸易）专业161名。中药学硕士研究生8名，博士生2名。药学系现在一跃成为我院的大系。
　　
　　现任：系主任：吕圭源　副主任：金国梁　黄绳武
　　
　　系党总支书记：金国梁　副书记：徐爱琴